马英九总统在就职演说中表示，将以最符合台湾主流民意的「不统、不独、不武」的理念，在中华民国宪法架构下，维持台湾海峡的现状。继续在「九二共识」的基础上，尽早恢复协商，并秉持四月十二日在博鳌论坛中提出的「正视现实，开创未来；搁置争议，追求双赢」，寻求共同利益的平衡点。未来也将与大陆就台湾国际空间与两岸和平协议进行协商，两岸不论在台湾海峡或国际社会，都应该和解休兵，并在国际组织及活动中相互协助、彼此尊重。

四川汶川发生规模八级以上强震，海基会于当天立即致函大陆海协会，表达诚挚慰问并愿促请台湾方面救灾人员前往协助的善意。关于台湾在川同胞滞留地震灾区的祥鹤旅行团最后一批团员，于五月十九日安全抵达成都。至此，困留在灾区的二千八百九十七台湾游客全部撤离灾区。此次震灾除一名台湾旅客在都江堰附近缆车上不幸身亡外，其余的台湾旅客全部安全撤离。
　　截至六月十八日止，我方已收到各界捐款一亿九千余万元，民间劝募亦达十四亿九千万元，大陆台商为二十九亿九千余万元，以上政府与民间捐助金额，已逾新台币五十三亿元。在协助重建方面，海基会先后接获我方「台湾支援四川灾后重建行动联盟」、「台湾世界展望会」、「台湾五一二川震服务联盟」、「1111人力银行」等四单位表示，愿积极协助四川灾后各项重建工作，海基会于六月二十日将各单位所提计画书等相关资料函送海协会。

国民党荣誉主席连战率团访问大陆，并于四月二十九日与中共总书记胡锦涛第四度会晤。胡锦涛以「建立互信、搁置争议、求同存异、共创双赢」表达对两岸关系的期许，连战则表示两岸应当掌握契机，在经济、文化、教育、社会、安全等层面加强交流合作。

为了体现多元服务与时刻关怀的精神，海基会在台北县政府县民广场举办一场关怀大陆配偶「二○○八幸福在台湾」园游会。海基会表示，随著两岸人民通婚数量日益增加，两岸人民联婚所产生之身分财产等关系日益复杂，惟因两岸婚姻法律规定互有差异，法律适用之冲突，也影响两岸人民权益。海基会特别呼吁，对于涉及两岸人民的权益等相关问题，应尽速务实协商。六月七日，海基会关怀辅导大陆配偶系列活动移师高雄地区举办，共有来自高雄县、市的大陆配偶与家属将近四百人一起参与「大高雄大陆配偶一家亲—庆端午包粽子」活动。

副总统当选人萧万长以两岸共同市场基金会董事长名义率团前往海南岛出席博鳌亚洲论坛。四月十二日，萧万长在与大陆国家主席胡锦涛会晤时，以「正视现实，开创未来，搁置争议，追求双赢」，描绘对于两岸关系未来发展的期待，并向胡锦涛提出四项具体要求：尽速启动周末包机、开放大陆观光客赴台、两岸经贸关系正常化、尽早恢复两岸的协商机制。此次「萧胡会」系一九四九年以来两岸领导人最高层级的会面，深具指标性意义。