台海两岸关系复杂独特，1990年代双方没有官方接触，政府公权力无法直接处理，但两岸交流所衍生的事务性问题，必须透过中介角色，由政府委托指定的民间机构执行公权力。

　　1991年3月由政府及部分民间人士共同捐助成立「财团法人海峡交流基金会」（简称海基会），推选辜振甫先生担任首任董事长；同年12月中国大陆也成立相似性质的「海峡两岸关系协会」（简称海协会），由汪道涵先生担任首任会长。隔绝近半世纪的两岸关系，自此进入新阶段。

　　海基会是目前政府唯一依据《台湾地区与大陆地区人民关系条例》（简称两岸关系条例）第4条「行政院得设立或指定机构，处理台湾地区人民与大陆地区人民往来有关之事务」成立运作的机构，以大陆委员会为主管机关，接受政府委托授权，与中国大陆针对涉及公权力行使的事宜进行联系协商。海基会成为政府大陆工作体系中，重要的一环。

　　在两岸政府授权下，海基会与海协会从1991年开始，展开接触与协商。1993年4月两会最高负责人在新加坡举行「辜汪会谈」，并签署四项协议，其后两岸政府也透过此管道，进行多次谈判，确立制度化协商机制。

　　随著两岸政治情势的变化，海基会与海协会之间的联系与协商工作，时有波折。1995年6月，中国大陆片面宣布中断两会协商，往后在1998年10月恢复互动，隔年7月中国大陆再度中断两会联系沟通，其后数年之间，两岸制度化协商形同停摆。海基会仍然依据政府委托，视民众实际需要，持续与中国大陆有关机构及团体保持联系，为民众提供必要协助与服务。

　　海基会秉持「促进两岸和平稳定繁荣发展」的使命，继续为推展两岸交流合作、促进两岸互惠双赢而努力。