行政院通过陆委会所提「放宽县市长赴大陆地区交流规划方案」，县市长赴大陆地区交流，将过去仅得申请赴陆参加国际组织所举办之国际会议或活动，扩大得参加与县市政业务相关交流活动或会议。同时简化审查程序，过去县市长赴陆须于出发前三周提出申请，本次大幅缩短审查时间，调整为于预定出发日一周前，迳向内政部提出申请审查，以务实回应地方需求。

新闻局宣布恢复大陆新华社及人民日报来台驻点采访，并放宽大陆媒体来台驻点记者在台停留时间，从现行的一个月放宽至三个月，同时开放大陆地方性媒体申请来台驻点。为增进大陆媒体驻点记者申办来台采访手续的便利，将发给一年效期的逐次加签入出境许可证，方便记者在同一年内再度提出申请驻点时，可用加签方式提出，可望大幅缩减申办的手续及时间。

海基会召开第六届董监事第十一次联席会议，由董事长江丙坤亲自主持。海基会在今日的董监事联席会议中，除了安排「互信协商之旅」的专案报告之外，也针对近期因政府职务异动等原因请辞及改派的董监事遗缺进行补选。

中研院副院长刘兆汉应大陆中国科学院之邀，前往北京参加「海峡两岸防震减灾学术研讨会」。这也是两岸最高学术机构，首度由副院长级率领的「院对院」交流。刘兆汉表示，希望借此研讨会，为两院建立起大规模合作和交流的开端。

陆委会主委赖幸媛接见美国前国防部长裴利（William Perry）率领的「美中战略安全议题」访问团时表示，有尊严的参与国际组织及国际活动是台湾人民的一致期望，但中国大陆目前对台湾参与ＷＨＯ的方式及国际组织的名称仍诸多限制，令人遗憾。赖幸媛并呼吁北京应务实正视两岸现实，切实体认台湾人民的想法，在台湾参与国际组织及国际活动上展现具体善意。

二○○八年四月二日上海世博会公布四十个「城市最佳实践区」展馆案例入选名单，其中包括台北市「台北无线宽频-宽频无限的便利城市」及「资源回收、垃圾零掩埋，迈向城市的永续」两件作品。本日，台北市长郝龙斌率团赴上海见证签约仪式，并参观世博会台北馆工程及上海市政建设。

大陆黑龙江省同江市发生翻车，造成我方大全旅行社承揽的东北旅游团人员伤亡事故，经两岸两会启动紧急联系机制，以医疗包机载回受伤旅客、家属与随行医护人员，包机从黑龙江佳木斯机场起飞，于晚间返抵桃园国际机场，海基会董事长江丙坤亲自前往接机，代表政府表达关心与慰问之意。此系海基、海协两会在北京恢复制度化协商之后，重新启动两会紧急联系管道，积极协处黑龙江车祸受伤台湾旅客，顺利完成人道救援，具有重大意义。

行政院通过扩大金马小三通方案，只要持有两岸入出境有效证件的台澎金马人民，都可以经由小三通往来两岸。同时，小三通口岸比照国际机场和港口，准许外籍人士出入。

应台湾海峡两岸观光旅游协会的邀请，大陆旅游业界一行三十九人由大陆海峡两岸旅游交流协会副秘书长范贵山率领抵台，考察台湾的风景区及饭店等，并与台湾业者探讨合作前景。大陆已确定首批赴台旅游的三十三家旅行社。七月四号启动首发团，七月十八日正式实施大陆居民赴台旅游。

海基会董事长江丙坤率领海基会协商代表团前往钓鱼台宾馆会见大陆国家主席胡锦涛先生。对于这次的会晤，江董事长表示，是在接任海基会董事长之后，首度与胡先生见面，且正值两岸关系出现新局之际，意义重大。对四川震灾造成数万人民死伤，江董事长也表达深刻哀痛之意，同时表示台湾将会尽力协助进行灾后重建工作。江董事长表示，此次两岸两会能够复谈，是本世纪两岸关系发展的重要里程碑，会谈签署了攸关两岸人民权益的两项协议，并达成若干共识，既符合两岸人民及国际社会对恢复对话的高度期待，对缓和区域紧张也具有重要意义。江董事长表示，台湾将以「和平繁荣、相互尊重、建立互信、共创荣景」做为两岸共同的愿景。

海基会董事长江丙坤率团前往中国大陆展开「两岸互信协商之旅」。六月十二日，江董事长与大陆海协会会长陈云林在北京钓鱼台宾馆举行两会负责人会谈，此系两岸两会中断协商联系九年来，首次正式互动，极具历史意义。六月十三日，两会正式签署「海峡两岸关于大陆居民赴台湾旅游协议」及「海峡两岸包机会谈纪要」。

海基会于台北圆山饭店举行「二○○八年大陆台商端午节座谈联谊活动」，并将本次活动主题定为「振兴经济，台湾再起」。江董事长主持座谈会时表示，近年来中国大陆经济快速崛起，而其崛起过程正巧与两岸经贸关系的发展同步，换句话说，两岸日趋密切的经贸关系是促进大陆经济增长的酵素与动力，台商在其中扮演了关键的角色。本次参与海基会举办大陆台商端午节座谈联谊活动的人数总计超过四百人，除了大陆各地八十四个台商协会代表，其中还包括一百多位荣誉会长或卸任会长与会。马英九总统在晚间莅临会场致词时指出，陆委会、海基会以及两岸人民关系条例都是在他担任研考会主委任内所推动创设，他很高兴历史的发展又将回到当初设计的轨道。

马英九总统在台北接受日本「读卖新闻」专访时强调，大陆撤走针对台湾的飞弹是两岸和平协商的前提条件，他指出两岸经济正常化对双方有利，也对亚洲地区带来很大的好处，呼吁包括日本在内的国际社会支持他对改善两岸关系的努力。马总统指出，日本和大陆的安定关系对台湾有利，两岸关系的安定也对日本有利。马总统针对台湾参加世界卫生组织等国际组织的问题指出，在名称问题将弹性因应，期待明年能适切地加以解决。

大陆国务院正式发布人事命令，任命原外交部副部长王毅为国务院台湾事务办公室主任。另海协会成立第二届理事会后亦立即召开第一次会议，推举陈云林海协会会长，聘请张克辉、林丽韫顾问，国台办副主任郑立中常务副会长、孙亚夫执行副会长、李炳才驻会副会长，同时推举王富卿、王在希、安民、张铭清副会长；李亚飞担任秘书长。

亚太经济合作会议（ＡＰＥＣ）第十四届贸易部长会议在秘鲁阿雷基帕（Arequipa）闭幕，各会员体对于四川大地震伤亡表示哀悼，盼重建工作顺利完成。台湾也在会中宣布，今年九月将在台北举办地震灾后重建研讨会，与其他会员体交流、分享九二一地震灾后重建经验与心得，研讨会将邀请所有ＡＰＥＣ会员体参加，获得美、日、中国大陆等众多会员体支持。

大陆海峡两岸关系协会致函海基会，除了对江丙坤先生就任海基会董事长、高孔廉先生就任副董事长兼秘书长表示诚挚祝贺，并同意双方尽速在「九二共识」的基础上恢复两会联系往来与协商谈判，同时也邀请江董事长与高副董事长兼秘书长于六月十一日至十四日率团访问北京，就「两岸周末包机」与「大陆居民赴台旅游事宜」进行商谈。

国民党主席吴伯雄率团访问大陆，成为民国三十八年国府撤退后，首位在国民党执政时访问大陆的党主席。五月二十八日，吴伯雄与中共总书记胡锦涛举行「吴胡会」，系两岸执政党领导人首次历史峰会。

海基会召开第六届董监事第二次临时联席会议，会中通过补选江丙坤先生、高孔廉先生成为海基会董事，随后并共同推举江丙坤先生担任海基会董事长、高孔廉先生担任副董事长兼秘书长。陆委会主任委员赖幸媛随后莅临海基会向新任江董事长与高副董事长兼秘书长致意，并以政府授权函正式授权海基会与大陆方面进行协商。海基会立即依据主管机关陆委会的授权，去函大陆海协会，除了援例进行人事更迭的通报，也转达该会已获授权将就两岸包机及大陆观光客来台两项议题与大陆进行协商的讯息，并表达两会能尽早恢复制度化协商的期望。

针对大陆方面正式回应马总统就职演说相关内容，陆委会表示乐见，并指出两岸应继续秉持「搁置争议、追求双赢」的原则，促成两岸两会制度化协商的早日恢复，共同开启和平共荣的历史新页。

大陆国台办主任陈云林正式回应马总统就职演说，表示尊重台湾同胞爱乡爱土情感和当家作主的愿望，两岸关系的历史遗留问题和今后的新问题，完全可以在两岸关系和平发展过程中寻求解决办法。在新形势下，大陆将继续加强与台湾各党派、团体和各界人士交流。