海基会副秘书长林淑闵率法律服务处处长何武良等一行十人前往广州、上海及北京，与当地公证单位进行座谈及参访交流。此行除海基会同仁外，尚有司法院及陆委会官员随行。海基会表示，由于「两岸公证书使用查证协议」签署迄今已超过十五年，随著两岸民间交流日趋密切，两岸人民办理公（认）书的案件持续增多，为了增进双方对公证制度及相关法规的了解，确保两岸人民之权益，因此安排此次专业性交流。

海基会副董事长兼秘书长高孔廉率领经贸服务处陈荣元处长等一行五人前往深圳、东莞探访台商，并顺道出席二十一日东莞台协十五周年庆典。高孔廉表示，随著人民币升值、原材料价格飞涨，以及大陆劳动合同法实施与加工贸易出口退税的调降，再加上美国二次房贷与金融海啸冲击，造成大陆台资企业经营面临极大挑战与困境。此行一方面转达江董事长对台商惨澹经营的慰勉，另一方面则实地了解台商需求，以便研拟协助台商发展的具体措施，并为海基与海协两会下轮即将展开的台商投资保障协议、避免双重课税与金融往来等议题听取台商建言。

前副总统连战代表马英九总统出席「第十六届亚太经合会（ＡＰＥＣ）领袖会议」，搭机启程前往秘鲁，为我方历届参与相关会议层级最高之代表。

为瞭解民众对二次「江陈会谈」结果的看法，陆委会公布民调，显示超过七成民众支持两岸制度化的协商机制，七成到八成民众并对此次两岸协商签署的四项协议感到满意，超过六成民众认为这些具体成果对台湾经济发展有好的影响；同时，大多数（六十七％）的民众不同意陈云林会长来台会损害我们国家尊严的说法。

十一月三日中午，大陆海协会会长陈云林率协商代表团抵达桃园机场。海协会协商代表团成员包括海协会、国台办、交通部、卫生部、中国人民银行、银监会、保监会、证监会及许多大陆重量级企业代表等合计七十四人，乃大陆首度且正式委派高层官员组成代表团来台与我方商谈，是两岸对等协商的重要表征与新的里程。下午，陈会长夫妇前往拜会辜严倬云女士，两会副董事长层级则在圆山饭店展开磋商，确认文本。
　　十一月四日上午，第二次「江陈会谈」正式登场，会后陈会长前往林口吊唁王永庆先生。下午，两会负责人就「海峡两岸空运协议」、「海峡两岸食品安全协议」、「海峡两岸海运协议」、「海峡两岸邮政协议」进行签署仪式。其后，协商代表团前往晶华饭店拜会陆委会赖幸媛主委。
　　十一月五日上午，两岸有关专家与企业人士，先后举行「两岸工商及航运座谈会」、「两岸金融座谈会」。下午，陈会长一行前往新竹科学园区，听取管理局简报，并参访友达光电及华晶科技两家厂商；其余金融界人士则安排前往参访国泰金控与柜台买卖中心。
　　十一月六日上午，两会共同举行两岸互赠大熊猫（猫熊）、长鬃山羊、梅花鹿、珙桐树记者会。十一时，马总统在台北宾馆接见海基会与海协会协商代表。下午，陈云林会长专程前往关渡「慈济人文志业中心」拜会证严法师；返回圆山饭店后观赏「海角七号」电影。
　　十一月七日上午，江董事长夫妇前往圆山饭店与陈会长夫妇话别，并由高孔廉副董事长陪同前往桃园机场搭乘华航周末包机返回北京。

为了扩大两岸新闻交流，政府正式批淮大陆二家地方媒体：东南卫视及福建日报社在台驻点，希望这二家大陆地方媒体能够做出客观的采访报导，增进大陆民众对台湾的认识。陆委会表示，内政部移民署联审会十三日正式同意大陆东南卫视，以及福建日报社，包括它旗下的福建日报、海峡都市报，以及海峡导报，以轮替方式派遣记者来台驻点。陆委会指出，这次开放只是大陆地方媒体来台驻点采访的开始，两岸交流日益热络，政府欢迎大陆其他地方性媒体能够陆续来台驻点采访。

海基会举行第六届董监事第三次临时联席会议，本次会议通过「捐助暨组织章程」部分条文修正案，董事会董事由四十三人增加为五十三人，第七届董事会员额即照此有所扩增。

海基会接获大陆海协会来函，就毒奶粉事件对台湾消费者和厂商表达歉意，海基会董事长江丙坤表示乐见这样的结果，虽然时间晚了一点，但肯定大陆方面的做法。江丙坤强调，有关大陆毒奶粉事件，海基会已正式成立申诉及求偿服务中心，未来我方消费者及厂商所提出的申诉案件，海基会将透过海协会代为求偿。

海基会副董事长兼秘书长高孔廉率十一人代表团前往深圳，与海协会人员进行进行第二次「江陈会谈」预备性磋商，双方就空运、海运、邮政合作及食品安全等议题以及海协会陈云林会长来台相关事宜进行沟通与讨论。

浙江大学台湾研究所及浙江省海峡两岸经济文化交流发展协会于杭州共同举办「两岸经贸合作研讨会」，会议由海协会副会长兼浙江大学台研所所长王在希主持，并以探讨两岸共同应对全球金融风暴的措施为主，计有两岸三地专家学者约五十人出席。

由大陆福建省海上搜救中心主办，厦门市海上搜救中心承办的「联合救难演习」，于厦金航线举行，该活动特别邀中华搜救协会、金门县政府参加，计有专业救助船、公务船、民间船舶二十五艘及其他辅助船十六艘，救助直升机二架。其中，金门方面派出「金港一号」专业救助拖轮和厦金直航客轮「东方之星」参加演习，系两岸首度合作举行相关演习。惟鉴于海域主权等问题，我方要求无论是金门还是厦门的救援船，都必须符合「不越界、不靠岸、不入境」三不原则。

以厦门大学新闻传播学院院长身分参加台南艺术大学主办「第七届两岸传播暨影像艺术研讨会」的海协会副会长张铭清，在参访台南市孔庙时，遭民进党籍台南市议员王定宇率众袭击。事件发生后，海基会董事长江丙坤、副董事长兼秘书长高孔廉召开记者会，发表声明表示：「海协会副会长张铭清先生，本次以厦门大学传播学院院长的身分，以正常程序申请来台湾进行学术访问，却在参访台南孔庙过程中，遭到民众的暴力攻击，海基会表达强烈的遗憾与谴责。」

国防部举行国军重要干部研习会，马总统首度以三军统帅身分出席精神讲话，马总统表示：未来四年，两岸之间不会有战争，同时宣示新政府的建军备战原则是「防守不挑衅」。

大陆山东都庆公司派遣三名干部抵达台湾，并前往金车公司位于桃园的工厂，取得当初检验出含有三聚氰胺奶精的样本。都庆公司人员并前往负责检验金车样本的食品工业发展研究所拿取检验报告，以厘清双方检验结果不一致之相关问题。

香港特区行政长官曾荫权在立法会发表二○○八及二○○九年度施政报告，提出多项对台新措施，包括香港贸易发展局将在台北设立办事处、推动两地工商界组成「香港｜｜台湾商贸合作委员会」，以及放宽台湾民众的入境限制等。

陆委会于台大医院国际会议中心举行办理「第七届两岸专业交流绩优团体颁奖暨研讨会」活动。陆委会为鼓励民间团体办理优质两岸专业交流活动，每二年办理绩优团体评选活动一次，今年经评审后，计有学术教育、科技体育、艺文宗教、大众传播、经济、法政等六类四十三个参选团体获选为本届绩优团体。

由台湾海峡两岸观光旅游协会举办的台湾观光旅游说明会，十四、十六两日分别于北京及南京举行，由观光局局长赖瑟珍主持，其间赖局长并与大陆国家旅游局长邵琪伟就推动大陆民众来台旅游进行沟通。

海基会致函海协会，就新疆乌恰县城西南处、西藏拉萨市当雄县分别发生强震，造成民众生命财产损失与交通通讯中断等灾情，表达诚挚慰问之意。

海基会依据主管机关嘱托函告大陆海协会，我方指定行政院卫生署食品卫生处以及经济部标准检验局实际业务主管，担任两岸食品卫生主管部门间紧急事件直接通报联系窗口；海协会亦随即复函告知大陆方面指定卫生部卫生监督局和质量监督检验检疫总局进出口食品安全局相同层级人员为联系窗口。海基会表示，日后两岸食品卫生安全紧急重大事宜的通报，除了透过此一联系窗口外，海基会与海协会原有的通报机制仍将维持既有的功能，就相关的紧急案件做同步的通报，以保证相关案件能及时、有效地传送与处理。

海基会副秘书长张树棣率我方「食品卫生专家团」前往大陆，就奶制品受三聚氰胺污染问题进行沟通，团员包括台湾医务管理学会理事长石曜堂、卫生署药物食品检验局局长陈树功、卫生署国民健康局局长萧美玲、卫生署诉愿会委员廖俊亨、卫生署食品处科长薛复琴、经济部标准检验局科长吴姿蓉等，该团与大陆方面就两岸如何建立食品卫生安全机制交换意见，并建立双方主管部门直接联系管道。