马总统亲至海基会视导会务、听取简报，除了对一年来两岸关系的良好发展表示肯定之外，期盼江董事长能继续率领海基会勇往直前，为两岸关系再创佳绩。马总统表示，这一年来两岸情势的和缓，不仅改善了两岸关系，也有助于我国地位的提升。他强调目前是台美中60年来关系最良好的时刻，这都是海陆两会同仁努力的成果，对台湾的未来将会有深远的影响。
　　马总统指出，两岸两会已签署了九项协议、一项共识，成果斐然，但展望未来，挑战仍多。对于两岸的协商议题，总统指示应秉持「三先三后」的原则，即「先易后难、先急后缓、先经后政」。
江董事长表示海基会将以总统的期许为目标继续努力，请总统放心。

行政院大陆委员会今天公布民调，调查结果显示，有超过七成以上的民众支持透过两岸制度化的协商来处理两岸交流问题，超过六成以上的民众满意此次会谈整体结果，同时认为所达成的三项协议及一项共识，对台湾的经济发展有「好的影响」。陆委会也针对两岸下次协商预定讨论的议题询问民众的看法，调查结果显示，民众认为比较关切且希望达成协议的议题，依序是「两岸农产品检疫检验」（57.2%）、「避免双重课税」（52%）、「两岸标准检测及认证合作」（48.4%）、「两岸渔业劳务合作」（26.9%）。

4月25日，海基会江丙坤董事长率协商代表团出发前往南京。下午，高孔廉副董事长与海协会郑立中副会长于南京紫金山庄，依例再度就共同打击犯罪、定期航班、金融合作三项议题进行最后磋商及确认文本。高副董事长致词时表示，此次南京之行，定位为「合作双赢」之旅，希望藉三项议题的合作建立两岸交流秩序，达到双赢结果。
　　4月26日上午，海基会协商代表团在江董事长率领下与海协会陈云林会长所率协商代表团于南京紫金山庄进行正式会谈。双方就两会已签署之六项协议执行情况、本次三项协议遗留之问题、下阶段优先协商议题及两会未来的交流，广泛交换意见。
　　有关本次三项协议及陆资来台投资方面，有关两岸定期航班部份，双方特别针对我方要求客运增加上海、深圳航班，货运增加深圳、厦门及天津航点、延远权、飞越权、票价过高等事项，交换意见。有关两岸金融合作部份，双方针对尽速完成银行业、证券及期货业和保险业三项MOU的签订，同步展开市场准入的商谈；大陆台商融资问题；两岸共同参与多边金融合作，以共同维护区域金融的稳定等问题，深入交换意见。在共同打击犯罪及司法互助部份，双方就建构制度化的两岸共同打击犯罪及司法互助机制、经济犯遣返回台等事项，深入交换意见。在陆资来台投资部份，双方对于陆资来台的领域、项目、配套措施、步骤及宣传等，分别交换意见。
　　有关第四次江陈会谈的优先议题，双方确认下阶段优先商谈两岸渔业劳务合作、两岸农产品检疫检验、两岸产业标准检测、认证及两岸避免双重课税等四项议题。
　　有关两会交流部份，两会同意继续推动两会组团互访之交流活动。
　　4月26日下午，两会领导人正式签署「海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议」、「海峡两岸金融合作协议」与「海峡两岸空运补充协议」三项协议。下午5时，江董事长率协商代表与大陆国台办主任王毅进行会晤。
　　4月27日上午，协商代表团前往南京统宝光电、明基医院等台商企业参访，海协会陈会长夫妇陪同。中午，在江苏省委梁保华及书记罗志军省长会见餐叙后，随即在金陵饭店与陈云林会长话别。下午，协商代表团转往扬州参访扬州宝宏制鞋公司及永丰余川奇光电公司等台商企业。期间则在与扬州市委季建业书记会见餐叙后，与扬州及镇江台商座谈茶叙。
　　4月28日上午，协商代表团由扬州赴苏州，参访台商大润发苏州物流中心。中午，与苏州市委王荣书记会见餐叙。下午，前往昆山南亚电子材料有限公司及捷安特有限公司进行参访。晚间，在与上海市韩正市长会见餐叙后，复与大上海地区台商座谈茶叙。
　　4月29日上午，协商代表团参访上海东海大桥与洋山港。下午，返抵国门。

陆委会发表民调显示，有79.6%的民众赞成两岸协商共同打击犯罪并签署协议，以解决司法侦查及人犯遣返问题；在平日包机进一步扩大为定期航班方面，获得58.4%的支援；同时有56.6%的民众认为两岸金融合作，有助于台湾经济发展；60.9的民众认为第三次「江陈会谈」预定协商的包括定期航班、金融合作、陆资来台等经济议题，有助于推动两岸经贸正常化。

美国华府重要智库战略暨国际研究中心（CSIS）举行「台湾关系法」立法30周年研讨会，邀请马总统发表视讯演说。马总统表示，台湾与中国大陆交往，将以改善与国计民生有关的经贸关系为优先，至于比较困难及敏感的建立军事信心机制等问题，将在未来时机成熟时才进行。

远见杂志民意调查中心公布最新民调结果显示，47.3%的民众认为美国政府重视台湾，但也有37.3%认为不重视，显示民众看法略显分歧；同时，64.0%民众认为大陆目前不可能对台动武，即使如此，仍有48.3%民众认为应提升军购，增加和大陆谈判时的力量。此外，民众对马英九总统执政11个月的满意度与信任度都较上个月增加，满意度为32.8%，信任度为49.6%，应与马总统的两岸互助、台美互信的双边三赢战略架构似见初步成效有关。

陆委会邀集内政部移民署、警政署、交通部观光局、民航局、航政司、海基会等相关机关，就大陆旅客来台人数短期增加有关问题，会商后续因应方式，期能完善大陆旅客来台管理及接待工作。

陆委会公布民调显示，有百分之七十受访民众认为有必要与大陆签订两岸经济合作架构协议（ECFA），处理两岸经济与贸易问题；对于陆资来台投资，有百分之七十九点九的人民认为应该有限度的开放。陆委会指出，从调查中民众对于ECFA的正面评价来看，大多数民众已较理解ECFA带来的效益，也希望调查所呈现的民意，有助于缩小朝野认知的差距。

卫生部公布《台湾地区医师获得大陆医师资格认定管理办法》。根据管理办法，台湾地区医师可申请获得大陆的医师资格，资格类别包括临床、中医、口腔。

两岸共同市场基金会最高顾问钱复率团，前往大陆海南省参加「2009年博鳌论坛」。4月18日，钱复一行与大陆国务院总理温家宝会见，钱复表示两岸应该「同舟共济，彼此扶持，深化合作，开创未来」；温家宝则回应表示两岸应该「面向未来，捐弃前嫌，密切合作，携手并进」。温家宝说明大陆将从五个方面推动两岸关系：一是推动大陆企业赴台投资；二是扩大对台产品采购；三是鼓励台资企业到大陆开拓市场；四是增加大陆游客赴台旅游；五是协商建立符合两岸经济发展需要、具有两岸特色的经济合作机制。同时希望台湾为大陆企业到台投资提供便利条件，为大陆商品入台开放市场。4月 19日，钱复与大陆中国企业家联合会荣誉会长、博鳌亚洲论坛首席顾问陈锦华，共同主持「国际金融危机与两岸金融合作」论坛分会，就国际金融危机对两岸金融业的影响、所带来的警醒与启示、两岸金融界如何合作应对危机以及两岸金融合作的前景展望等，进行讨论。

由香港特区政府政制及内地事务局主办，香港旅游发展局和香港贸易发展局协办的首届「香港－台湾城市交流论坛」在香港举行，台中市市长胡志强应邀率团参加论坛。香港特区政府财政司司长曾俊华致欢迎辞说，这是首次由香港特区政府作东道主，欢迎台湾一个市的政府代表出席在港举行的城市交流论坛，为港台两地官方和民间交流展开新的一页。此次论坛计有台、港400余位相关业界代表参与，就旅游互动、开拓产品及服务市场议题，进行分组讨论。

行政院大陆委员会赖幸媛主任委员出席由民进党主办的第二阶段台湾民间国是会议，赖主委回应对两岸政策的疑问时表示，新政府大陆政策的坚定立场，就是中华民国是一个主权独立的国家。赖主委表示，陆委会是两岸关系的推动者与把关者，两岸政策步调、方向的掌握，一直是陆委会施政的首要考量，陆委会将持续沟通与协调，以建立国内共识。

山东省旅游行业协会、山东省海峡两岸经济文化发展促进会、山东航空公司与台湾旅行业品质保障协会、中华两岸旅行协会、台湾省旅行商业同业公会联合会在台北圆山饭店联合举办「山东台湾旅游交流年启动仪式」，海基会董事长江丙坤应邀出席启动仪式并剪彩。江董事长在致辞时表示，去年海基、海协两会就在这个场地签署了四项协议。截止今年三月底，已有六十二万人次乘坐直航包机互访。我们为两岸游客互访的方便和频繁而高兴，我们还要为两岸游客互访的更便捷而不断努力。

中华电信董事长吕学锦以台湾电信产业发展协会理事长的身分，率台湾大哥大、远传及威宝等业者，与中国移动董事长王建宙、中国联通董事长常小兵，以及中国电信董事长王晓初等大陆重量级电信业者，就两岸电信合作交换意见，此系大陆发放3G执照后，两岸电信高层首度会面。

为增进社会各界对政府大陆政策的瞭解并听取民意，陆委会假台中逢甲大学举办「大陆政策暨两岸协商」说明座谈会，赖幸媛主任委员主持座谈会，针对两岸「定期航班」、「金融合作」、「共同打击犯罪」、「陆资来台投资」等议题的必要性及重要性进行说明，以及「加强两岸交流秩序」、「经贸合作」、「渔业合作」、「文教及新闻交流」等后续协商议题广泛征询产、官、学界及地方基层的意见。

海协会副会长安民率经贸交流考察团来台进行为期6天的访问行程，该团系由大陆海协会理事与专家组成，为海基会与海协会去年11月就两会理事、董监事互访交流达成共识后，第一个来台访问的海协会参访团。该团除吊唁已故企业家王永庆，并访问长荣、英业达、宝成、统一等企业。

海协会顾问林丽韫率大陆老台胞返乡谒祖文化参访团一行15人来台参访，该团由中华两岸文经观光协会邀请，大陆全国台联副会长史茂林担任领队，成员俱为高龄70岁以上的台籍人士。

为宣扬政府大陆政策，说明两岸经贸关系的发展，本会江董事长丙坤应邀前往印尼巴里岛及日本东京两地进行访问，并发表专题演说。世界台湾商会在印尼巴里岛，召开第十五届第二次理监事联席会议，邀请江董事长就当前世界经济情势对两岸经贸的影响发表专题演说，向世界台商说明两岸经贸发展的发展方向，会后并将与印尼当地重要人士会晤。印尼行程结束后，江董事长直接转往日本东京，参加「二○○九年台日亚洲太平洋会议」，就当前两岸关系的发展发表演讲，促进日本政、学界人士对我国大陆政策的了解与支持。

首次由两岸佛教界共同主办的「第二届世界佛教论坛」，三月二十八日在大陆江苏省无锡市开幕，四月一日在台北闭幕，以包机直航方式连贯全程活动。台湾部分由国际佛光会统筹，慈济、法鼓、华梵、佛光等大学及佛教界参与。大陆部分则由中国佛教会与中国佛教会国际交流协会、香港佛教联合会等单位参与，共邀请约六十个国家、一千二百多位佛教界领袖及学者参加。两岸共同举办国际宗教活动，过去多以轮办方式举行（一年在台湾、一年在大陆），此次分两阶段在两岸连贯性进行，当属首例。

海基会与桃园县共同主办的「关怀大陆配偶―幸福在台湾园游会」，于桃园市多功能艺文广场热闹登场。海基会副董事长兼秘书长高孔廉致词时表示，根据海基会婚姻类公证书验证的数据，至今年二月底止已超过三十二多万件，另根据内政部网站统计，至今年一月止大陆配偶申请入台人数约二十六万三千多人。为深入了解各位大陆配偶在台生活情形，去年海基会与民间社会福利团体合办大陆配偶家庭关怀访视，也举办各项座谈会，深入了解与关怀两岸通婚状况、家庭生活需求、及大陆配偶社会适应情形，及时反应给政府参考，积极扮演两岸通婚家庭与政府间意见的协调与沟通的桥梁，以协助建立幸福美满的婚姻生活。