针对自由时报社论「党国一体公私不分的海基会」一文，海基会声明如下：

一、 海基会受政府委托处理有关两岸协商、交流、服务的各项工作，全国民众不分党派，皆是海基会的服务对象。江董事长有关「民进党与大陆交流，如有需要海基会也愿意帮忙」的发言，亦是本此原则，基于善意，协助民进党在互动中了解大陆，并无逾越分际之处；此外，关怀台商是海基会天职，更没有所谓公私不分的问题。
二、 江董事长对香港媒体询及有关选举结果的发言，主要是强调两岸和平的环境是台湾竞争力以及经济发展的关键。过去4年两会签署的16项协议，均系在政府的授权下，由双方主管机关官员及陆委会与海基会协调联系下，秉持「对等、尊严」及「以台湾为主、对人民有利」的原则，多次折冲谈判才谈成，该报所指江董事长扮演大陆黑手的谈话，完全是不实的诬蔑。
三、 有关海基会兴建办公大楼，有其必要，主要考量因素如下：
1. 本会原址使用已达18年，早已不敷使用，且设备陈旧，另2008年两岸两会恢复制度化协商以来，海基会各项业务均急剧增加，以文书查、验证为例，较往年同期成长超过50%，办公空间已严重不足。
2. 本会每年租金三千三百余万元，二十年来之租金已足可建一大楼，为节省每年缴纳高额房租的财务负担，考量政府财政困难，海基会乃自筹经费兴建办公大楼。
3. 新办公大楼可提供民众宽敞的洽公环境，更能提升为民服务品质。