媒体报导，民进党立法委员指称海基会今天修改组织章程，恐有「自肥」嫌疑。海基会表示，本章程修正案系于江丙坤前董事长任内通过，并非由林中森董事长提出。提出本修正案之目的，系因应当前两岸新情势应有专职董事长之需要，以期建立海基会的长久制度，绝非因人设事，酬庸自肥。
　　海基会受政府委托处理两岸事务，自97年6月恢复两岸制度化协商后，两岸交流往来更趋频繁，本会各项业务急遽成长，相关会务之规划与推动，均有赖董事长专职投入。董事长由无给职改为得有给职，符合当前两岸情势所需。