针对少数媒体有关海基会修订组织章程，将董事长改为「有给职」之批评，海基会特别表示，海基会设立之初，尚在起步阶段，敦聘企业界德高望重之辜振甫先生担任董事长，并非专职，故无薪资之问题。
　　江董事长于九十七年五月接任海基会董事长，两岸恢复协商，四年多时间举行八次会谈，签署十八项协议，而且两会交流频繁，海基会董事长责任艰巨，需全心全力投入，已有专职之实。董事长一职虽有专职之需要，且有修改章程修订为「有给职」之议，但江董事长泱泱大度，考虑于其任内不宜修订，但认为实有建立长久制度之必要，方符合当前两岸新形势所需，故于卸任前主动提出于本次董事会修订组织章程。
　　目前政府捐助成立之财团法人，董事长如为专职，均为有给职。本会组织章程修订，尚需报经主管机关核定，未来本会董事长薪资将根据行政院订定之「政府捐助之财团法人从业人员薪资处理原则」，由主管机关陆委会召集外部学者专家及会计师等审定。林中森董事长并指示，考量当前国内薪资情况及外界观瞻，薪资不宜过高。林董事长特别强调：「我是来为国家做事，对薪资不会计较。」
　　海基会强调，董事长专职系基于两岸情势及职责之需要，以建立制度为考量，未来由谁担任董事长均适用，绝非量身订做，因人设事；在江董事长卸任前建立制度，更非自肥。