对于有媒体以「海基会零功能」为题的报导，海基会十三日强调，内容有诸多错误，引用相关资料避重就轻，实有明显误导真实的恶意，海基会对此提出澄清，也表达相当的遗憾。
　　相关报导指称，「海基会最重要的文书验证业务，从去年的98011件，平均每月8167件，到今年一月至三月平均每月6398件。显示两岸关系趋冷，也影响该会最传统性的职能。」
　　海基会澄清，报导未完整说明该数据系指「完成验证数」，海基会去年每月平均完成验证数确为8167件，今年四月份完成验证数为8724件，案件数并无减少，而今年一月至三月因春节假期，历年来验证数都较少，刻意拿此数字作为比较基准，实有恶意误导之嫌。
　　海基会强调，去年海基会完成的中国大陆公证书验证案件达98011件，转递我方认证书至中国大陆64422件，与前年(民国104年度)的97633件、62684件，并无明显增减；海基会指出，所谓「显示两岸关系趋冷，也影响该会最传统性的职能」，明显不是事实。
　　至于报导也称，「台商三节联谊，真正参与的台商只有马政府时的一半，都靠公务员撑场面」。海基会强调，该报导完全背离事实，对于错误的描述可能导致外界误解的，深感遗憾。
　　海基会指出，去年520以来，大陆台商三节座谈联谊活动，大陆各地台商协会代表参与活动总人数并未明显减少。以今年春节台商联谊活动为例，大陆台商协会代表约220人，与以往的200至250人相同；另国内工商团体赴大陆投资重量级厂商代表约110人，远高于过去的约10人，整体大陆台商代表人数达330人，与过去相比，台商参与人数不仅未有减少，反而更多。
　　海基会强调，部分大陆台商协会会长确因受到政治因素干扰，未亲自出席台商联谊活动，但大陆各地台商协会的荣誉会长、监事长、常务副会长、副会长等台干部均返台参与，所谓「真正参与的台商只有马政府时的一半，都靠公务员撑场面」，明显不符事实。
　　海基会强调，包括两岸文书验证、台商服务、陆生、陆配与台生的服务关怀等例行性工作，持续积极推动执行，并未受到目前两岸情势的影响。海基会今年更首度为陆生安排台湾企业参访与文化之旅，这些服务都是以前未有的；相关媒体刻意避重就轻，进行违背事实的报导，实有恶意误导之嫌，伤害两岸关系发展，海基会深感遗憾。
　　海基会也呼吁，两岸两会的业务攸关两岸基层民众权益与福祉，政治性的框架与限制，不应影响两岸基层民众权益，两岸两会应以恢复沟通对话为正途，才能相互累积善意，真正解决两岸民众切身的问题。