最近有媒体报导，有台商表示，近日海基会依两岸人民关系条例第33条规定，密集邀请台商，针对国人在大陆党政军机构任职进行了解，全面清查台商在大陆涉党政军等相关职务。海基会郑重澄清，相关臆测性报导内容均非事实，本会并未邀集台商清查台商在大陆涉党政军等相关职务，亦未邀集台商征询国人在大陆就职相关议题。
　　推展台商服务工作，维护两岸人民及台商权益，进而维持两岸关系的稳定发展，向来是海基会的重点工作。长年来，海基会与大陆各地台商协会保持密切联系与合作，共同维护台商人身安全与合法权益，已与大陆台商建立深厚的情谊。海基会相当了解台商在大陆创业的艰辛，不论两岸关系如何发展，本会均一贯秉持加强对台商的联系与服务，持续做好台商的后盾。海基会也呼吁，国人在大陆经商或投资，务必遵守两岸的法律规定，以保障自身权益。