针对外界质疑国统纲领已经终止适用，海基会是否仍有存在之意义，海基会秘书长游盈隆表示，就法理而言，海基会是依据民法成立的财团法人组织，其筹设及完成设立登记日期均早于国统纲领的制定；就业务运作而言，海基会是接受政府授权处理两岸人民往来涉及公权力有关事项的民间单位，每年处理相关服务案件高达30万件。因此即使终止适用国统纲领，并不影响海基会存在的目的与价值，而该会董事长张俊雄于日前所言「海基会非依据国统纲领而成立的」并无任何不妥。

　　游盈隆表示，回溯当初海基会成立的过程，最早可以回到民国79年5月16日，国民党中央大陆工作指导小组通过筹设「海峡基金会」的计划草案、组织结构及职掌，同年6月行政院初步核定，在当时「国统会」都还没成立(同年9月才成立)，同年11月21日海基会依民法有关规定正式召开捐助会议，并举行第一届董监事会议通过该会名称及「捐助暨组织章程」，同年11月26日海基会依据章程暨有关法令向行政院「大陆工作会报」申请设立许可。 80年2月8日陆委会函复海基会准予设立，同日海基会依民法有关规定向台湾台北地方法院完成设立登记， 3月9日正式挂牌运作。反观国统会系于同年2月23日才通过「国家统一纲领」，3月14日经行政院第2223次会议通过。因此从时间先后顺序而言，海基会并非国统纲领通过后才设立的。

　　游盈隆进一步表示，从法理上来说，海基会是依据民法成立的财团法人组织，依据「两岸关系条例」接受政府授权委托处理两岸人民往来涉及公权力有关事项的民间单位，因此其设立与运作分别受民法及两岸关系条例之规范。至于国统会及国统纲领均未经立法院通过，并非依法设立机关及法律，与海基会或许有政治上的渊源，但是并无任何法律上的关联性。

　　游盈隆强调，目前两岸交流频繁，因交流所衍生涉及人民权益事项的问题层出不穷，由于两岸官方不来往，彼此间没有派驻机构，及政府对海基会之委托及授权仍然存在下，诸如文书查验证、人身安全维护、经贸纠纷协处，两岸人民急难救助等，都须由海基会来协处，每年30万件的服务案件正充分说明了这个事实；而根据最新的民调也显示，有高达八成一的民众认为海基会有必要继续存在，海基会同仁一定会兢兢业业，全力以赴为民众服务，以无负民众的殷切期待。