针对媒体报导台湾团结联盟黄昆辉主席发布新闻稿质疑海基会高层出访频仍，是否在第三地和中国大陆接触一节。海基会特别澄清指出，为宣扬我政府两岸政策，说明两岸关系进展，江董事长在处理两岸事务之余，也会配合外交部、侨委会、外国政府或海外台商及侨社邀请或安排，前往海外进行宣慰侨胞、座谈演讲与拜会当地政要等活动，以争取外国政府、海外侨民、台商及国际友人对我的支持。所有出国行程均公开、透明，出发前均由海基会以新闻稿方式对外公开，相关出访行程资讯均可向邀请单位或驻外代表处查证。
        海基会表示，自从两岸恢复制度化协商后，所有议题的协商都是在经陆委会完成法定程序并授权本会才能启动，而且所有议题协商都是在陆委会指导、监督及实际参与下，和各相关部会共同组成一个协商团队与大陆方面各个议题协商代表，在两岸两地轮流举行。总而言之，现在两岸的协商是制度化、法制化，且对等在两岸两地有尊严的正规谈判。此外，江董事长是海基会荣誉职，是服务两岸的志工，并不参与具体协商工作，也不负有密使任务，每次出国访问仅有随员一人同行，不可能、也不必要利用国外场合和大陆方面私下接触。
        海基会强调，我方和大陆的协商都是根据「以台湾为主，对人民有利」的指导原则来进行，而为了对全民负责，陆委会赖主委4月1日也特别公开地向媒体说明了目前协商进度；不仅如此，为了表示对国会参与与监督的尊重，未来正式会谈前陆委会及相关部会也会前往立法院提出专案报告，说明我方协商方案与立场。至于各个议题协商过程中，基于维护我方利益与谈判策略考量，并不适宜全盘透明公开，以免筹码尽失，唯一旦双方达成协议，均会依照法定程序送请立法院进行审议或备查，交给人民公开检验，无所谓黑箱作业之情事可言。〈2009/04/03〉