马总统在今年（二○一一）元旦文告中，首先以经国先生「今天不做，明天就会后悔」的名言，来点出马政府推动两岸关系发展的动机，将台海从过去的冲突热点，变成今日的「和平大道」。马总统以「百年和平」概念作为两岸互动的主轴，首先重申「不统、不独、不武」的现状，以及以「九二共识，一中各表」为基础与大陆协商，获致两岸关系的大幅度发展。他并强调「搁置争议，争取台海长期和平发展」是两岸人民的共同愿望，同时希望两岸人民都能享有「自由、民主与法治的多元生活方式」。马总统最后指出，两岸不应该是政权、统独、国际空间之争，而应努力在「自由、民主、人权、法治等核心价值上彼此激励，相互提升」，同时也强调关心大陆的人权发展是「珍视的核心价值」，是「测量与拉近两岸距离的重要指标」。
马总统元旦文告的两岸关系论述，首先延续了二○○八年就职演说中「不统、不独、不武」的基本原则，以及两岸以「九二共识、一中各表」作为发展关系的基础。对于两岸是否存在「九二共识」的问题，国内的意见不一。事实上，双方是否存在共识，重点在于双方是否具有诚意与善意，在此基础上发展关系。我们非常清楚，中国大陆不会放弃一个中国原则，我们也不会放弃一个中国就是中华民国，因此双方都不会公开声明接受对方的说法。但是，双方都不挑战彼此的说法，而愿意在「九二共识」的创造性模糊情况下推展两岸关系。也就是在此基础下，两岸两会自二○○八年五月之后，进行了六次会谈，签署了十五项协议，达成一项共识。不仅营造了两岸和缓的环境，受到国际社会的肯定，更为我们争取到发展的空间与时间。
其次，今年的元旦文告结合了建国百年的时机，宣示在历史以及文化方面，中华民国在台湾时期是与之前有著不可分割的延续性。而除了传承之外，台湾还具有创新的能力，凡是到过台湾的大陆人士，对于台湾保有中华固有文化的程度与生活实践都感到十分赞赏。更重要的是，台湾的经验与成就，其实是中华文化儒家文明与资本主义的有效结合，这在中国历史上是前所未有的经验。台湾不但是中华文化的传承地，也丰富了中华文化的内涵，它代表著以儒家文明为主体的社会，也能有效地发展出西方的民主与自由。
再次，今年元旦文告的最大特点是，著重强调了关注大陆民主与人权的情况，虽然历年文告中也都曾提及，但今年则是特别加重。除了表示希望两岸同享「自由、民主与法治的多元生活方式」，更是首次指出将关心大陆的人权发展视为是「核心价值」。哈佛大学教授奈伊（Joseph S. Nye, Jr.）二○一○年十二月在总统府的演讲中，主张台湾要持续发展软实力，继续保有在人权、民主的成就，进而吸引中国大陆年轻人的关注。我们相信两岸关系能够在多元的环境中，藉著交往沟通、相互学习的过程，共同建构彼此可以接受的身份与文化，为两岸人民谋求最大的福祉。
最后，元旦文告也对于质疑政府大陆政策的主张，做出了回应。对于批评政府「亲中卖台」的国内在野阵营以及一些国外团体，马总统以文告中对于「台湾民主」与「大陆人权」的主张，宣示我国拥有民主与人权的软实力，重申政府坚持台湾民主精神与以民意为依归。这是大陆政策的基本精神，也是台湾在与大陆往来时的「防护罩」，让台湾不须畏惧与担心两岸互动。而对于疑虑台湾仍有可能从事台独路线的声音，文告则再点出「九二共识」原则，并强调两岸非政权、统独与国际空间之争来做回应。
综合观察二○一一年的马总统元旦文告，关于两岸关系的论述，我们可以观察到，暨秉持了「建国百年」的主轴，强调两岸关系现状的稳定性与延续性，也务实的以「民主」、「人权」诉求，来设定两岸未来进行竞争的新议程，对于两岸关系发展的现状与未来的走向，提出了台湾自身的主张。