两岸关系复杂且独特，在没有官方接触、政府公权力无法直接介入处理的情况下，
两岸交流所衍生的各种问题，只能透过具有民间性质、
但由政府委托指定执行公权力的机构，来担任中介角色。
这个经常被外界称为是政府「白手套」的单位，就是海基会，
在大陆的相应组织，则是海协会。

海基、海协成立后，两岸开始启动半官方的互动往来，二十年来，两岸两会的「协商」功能，偶尔因两岸关系冰冻而暂缓，不过，海基会服务台商的功能，却是二十年如一日。
「海基会刚成立时，经贸处只有十个人，昔日大陆台商不过五万多人，现在的经贸处只加了两位同仁，但应对的却是百万台商，」海基会主任秘书廖运源如是说。他解释，「二十年前海基会刚成立时，海基会成立宗旨就是『中国的、善意的、服务的』」，所谓「服务的」，指的主要就是服务台商。
海基会经贸处处长陈荣元回忆，海基会在一九九一年三月成立时，即迅速规划台商资讯、咨询等各项服务工作，但当时政府尚未订定赴大陆投资许可法规，所以有关机关及海基会都欠缺台商资料库。那年六月，他奉派赴大陆参加深圳台商协会一周年庆活动，海基会自此开始有系统地建立台商联系服务网络。
当时，经贸处也大量与台湾地区各产业公会展开接触，透过举办座谈会、研讨会的方式，了解已赴大陆投资厂商的经营问题与困难。同时，也鼓励在大陆同一地区投资的业者筹组台商协会，以利在彼岸相互联络感情、解决困难。
到一九九五年时，大陆已成立三十八家台商协会。海基会开始规划办理大型台商集会活动，除了让各协会交换运作经验及服务台商心得之外，也安排与政府机关代表面对面沟通，当场讨论并解决问题。「这项活动后来固定在每年春节、端午节及中秋节前后举办，形成大陆各地台商之间，以及台商与政府聚会沟通的平台」陈处长说，「现在大陆地区已有一百一十五家台商协会，超过三万家台商企业加入当地台商协会。虽经十余年，各地台商协会对参加三节活动热度不减，办理规模愈来愈大。」
除了服务台商、举办大型台商活动与台商沟通联系外，海基会另一个重点业务，则是协处台商案件。
回想起两岸开放交流初期，陈处长说，前往大陆投资的台商还不算多，那时候海基会除了向台商提供赴大陆投资的专业咨询服务以外，还包括协处台商人身安全及急难救助案件，很多台商或家属都会在第一时间打电话到海基会来，希望协助处理。其中，最常发生的人身安全案件类型，包括因案羁押、失踪、意外或因病身亡、遭抢劫伤害或恐吓勒索、遭人杀害、遭非法拘禁等；在协处经贸纠纷案件方面，常见类型则包括大陆官员欠缺法治观念、地方政府越权审批、合资中方强取豪夺、当地村民围厂抗议、司法不公执行困难、假贸易真诈财、合同纠纷、土地纠纷、商标侵权以及台商诈骗台商等等。
陈处长表示，将近二十年来，两岸经贸往来升温，不但案件数量增加，案件类型也日趋复杂，但海基会同仁的服务品质，却从来没有因此稍有松懈。无论是在假日还是半夜接到求助电话，都会立即处理，这都是基于服务台商的职责与热忱。也因此，海基会常常接到台商或家属的感谢函，感谢同仁细心负责的协助，使得台商或家属能在第一时间，就获得积极有效率的帮助。
广州台商协会会长程丰原表示，海基会服务台商的功能，几乎是包山包海。举凡有人在大陆被偷了、被杀了、被抢了，很多人不是找当地台协帮忙，就是找海基会帮忙，「海基会服务功能做得非常到位，也很亲切，总是很快让求助者焦急的心，很快平复下来。」根据海基会内部统计，海基会成立迄今，被定义为「重要」的经贸服务案已超过四千件。海基会在台商最需要服务的时刻，提供即时帮忙，甚至还有大陆台商碰上工厂被围、或是工厂发生大火的紧急时刻，在第一时间打电话向海基会求救，也是由海基会资深同仁即时提供步骤式指引。
大陆台企联总会长、前东莞台协会长郭山辉也说，和海基会的联系，几乎可以做到二十四小时，沟通管道不仅畅通而且全年无休，「一发生急难事件，随时都找得到海基会来帮忙协处，而且效率很高。」目前大陆已成立的一百多个台商协会中，包括东莞、广州、上海、厦门、上海、北京等资深台商协会，迄今都还在秘书处保留了一大叠与海基会共同协处、服务台商的案例。
海基会协助处理的台商案件中，有不少案件曾经占据过媒体重要版面，或是在两岸经贸交流史上书写过历史纪录。例如，二○○一年元月发生在广东佛山的台商五人命案，这起骇人听闻的事件发生后，来自台湾的犯案人就立刻潜逃回台湾，由于当时两岸没有司法互助，也让两岸警方对于如何侦查案情一筹莫展。
知情人士表示，佛山命案发生后，海基会就与佛山台商协会展开密切联系。「佛山命案的发生，显示台商人身安全亮起红灯，海基会基于家属请求，期盼此案能尽快找出真相，把该定罪的人给定罪，大陆则期盼能赶快破案，以恢复当地的安宁。」他指出，在佛山台商协会居中协调下，佛山当地公安厅同意与台湾警方合作，将命案现场搜集到的犯罪、口信资料与鉴识报告，提供给台湾作案情侦办参考，「当时双方人马就约在澳门交换资料，资料厚厚一大叠，非常详尽，这也是两岸五十年来，首度出现第一宗的犯罪资料互换。」
海基会近期处理的另一起经贸协调案，即二○一○年十二月十八日至二○一一年一月三日，广东惠州举办「博罗千米文化成果展」，当时台湾有四十余位小吃业者受邀参展，行前业者一共缴交人民币八万元（约新台币三十六万元）的参展费，又自费备置机票、食宿和食材；不料，到了当地却被告知不能使用瓦斯烹煮食物，十二月二十二日时更被要求不准继续参展。
当时，承办的传媒公司推说不知有此规定，让我小吃业者求助无门，且生活旅费即将用罄。于是在十二月二十四日下午，紧急打电话回台湾向海基会求助，海基会在当天下午，立即透过海协会和惠州台商协会长张秋进协调处理。
博罗县人民政府了解相关情况后，决定在二十七日先垫付人民币二十万元（约新台币九十万元）补偿给业者，让业者返台，之后再进行内部求偿。经由当地政府明快的处理，整起事件终于圆满落幕。
海基会服务台商历史长达二十年，即使是在两岸关系最低潮时刻，海基会不受政治或时空的阻碍，在二○○五年八月三十日正式成立「台商服务中心」，设立台商服务专线（○二︱二七一五一九九五）。在发生台商人身安全与经贸纠纷、协助台流返台案件时，积极发挥协处功能。此外，海基会更致力于强化台商联系及提供专业的资讯与咨询服务，例如：举办三节台商座谈联谊活动；举办「两岸经贸讲座」、「台商咨询日」活动；办理大陆台商产业升级辅导及教育训练；举办台商产官学专题研讨会；出版「两岸经贸月刊」、「台商咨询Q&A汇编」、「钱进中国︱您不可轻忽的前车之鉴」、「台商大陆生活手册」；建置「两岸经贸网」；遴选台商财经法律顾问，强化咨询服务的广度与深度。
二○○八年五月，海基会江丙坤董事长与高孔廉副董事长上任后，由于两岸关系改善，两会制度化联系、沟通功能恢复并逐渐强化，海基会不但积极执行政府委托授权的「协商」、「服务」、「交流」三大任务，对台商的服务工作也明显转型，采取多元化、即时化、现地化的型态。例如：筹组关怀台商访问团，由海基会江丙坤董事长或高孔廉副董事长率团，探访台商密集城市并举行座谈会，实地了解台商经营问题与需求，借由与当地官员会见，或透过海协会转请大陆相关部门，提出具体的因应对策，协助台商解决面临的各项问题。
今年正逢海基会成立二十周年，不少大陆台商会长感佩之余，也期盼海基会业务更加蒸蒸日上。郭山辉表示，海基会的预算一直以来都相当拮据，希望政府能多多补助海基会，让海基会服务台商功能可以作得更好。他也期盼，海基会能早日到大陆设立据点，如此一来，不仅更接近台商，也能真实、一线传达台商的心声。程丰原则说，海基会不仅是服务台商，也肩负著与大陆政府协商的重任，「希望海基会与大陆海协会协商中的两岸投保协议能尽早底定、付诸实行，让台商投资大陆可以更安心、安全，实质提升台商权益。」