一九九○年代以来，两岸经贸往来日益深化，大陆已为台湾第一大出口市场及第二大进口来源，两岸贸易结构也明显朝向技术密集化发展。同时，大陆已成为台商投资最多的地区，呈现技术密集化、大型化、集团化，并开始重视大陆内需市场与服务业投资。
　　然而，两岸经贸发展也存在经贸体制差异的问题，台湾对大陆物品仍然存在进口限制、大陆低价产品影响台湾产业、台湾产品出口面临大陆贸易障碍与反倾销调查等问题，而台商大陆投资也有许多制度性和营运的障碍，以及台商投资权益保障不足问题。
　　ECFA的签署，将建构两岸经济制度化机制，使两岸依据「逐步推动、先易后难」原则，渐进实现「两岸经贸自由化」。如此，将促使两岸贸易与大陆扩大内需政策结合，促进两岸分工模式之调整，增加服务业开拓大陆市场之机会，使陆资来台进一步扩大和自由化，也将促进两岸新型产业合作。
当然，ECFA执行成效、后续协商压力，以及「十二五规划」牵动两岸产业竞争，是台湾必须面对的挑战。因此，台湾对于ECFA的执行、后续谈判进行、两岸海关、产业合作、协助台商转型及拓展大陆内销通路，都应有积极推动之策略。
　　总之，在两岸实现直接三通、开放陆资来台投资、开放大陆商务人士来台，以及两岸经贸往来逐渐「双向化」之趋势下，ECFA将为两岸经济关系正常化与自由化，建构制度化的协商互动机制，以更广泛的「新经贸关系架构」，全面性处理两岸经贸衍生的各项问题。
　　展望未来，综观ECFA之执行、大陆经济转型与「十二五规划」对两岸经贸之影响，首先，政府应积极规划提升后ECFA时代台湾竞争力的两岸分工策略，努力建构台湾作为支援大陆生产基地提升附加价值的来源，而让台商企业逐渐转型，把过去的「代工」型态转变成国际大厂的「研发」伙伴，将是一个必要的发展方向。
　　其次，就ECFA后续谈判而言，由于货品贸易、服务贸易、投资保障等实质谈判，将涉及台湾农业、工业与服务业市场开放与两岸之利益交换，亟需作整体考量。对此，除应注意可能衍生的两岸产业竞合趋势与相应配套措施外，对于后续自由化开放项目的选项，也应厘清双方产业之优劣势、大陆推动之产业振兴、战略性新兴产业政策规划可能衍生之竞争趋势，才能提出「对台湾有利」的谈判策略。
　　第三，就两岸经济与产业合作而言，由于ECFA与十二五规划同时在二○一一年实施，自然成为两岸在十二五期间互动、推动经济合作之平台。对此，台湾应主张将「十二五规划」列ECFA经济与产业合作之对话议题，特别针对大陆未来在「扩大内需」与「战略性新兴产业」之各专项规划中，将两岸产业分工与合作搭桥列为推动项目，才能找到两岸中长期发展之合作方向。
　　同时，台湾在推动「两岸产业搭桥专案」时，更应思考两岸合作在台湾相关产业发展愿景中的定位，以及所追求的长期目标，才能提出台湾对两岸产业交流合作的长期战略。特别是，由于两岸产业合作均涉及贸易、技术合作、研究发展、相对投资等往来法规的开放与调整，必须有整套规划，才能真正达到「两岸产业双赢」目标。
　　最后，为协助台商更为即时掌握大陆扩大内需相关政策之具体商机，政府应积极运用「两岸经济合作委员会」的产业合作小组，提出协助台商转型及促使台湾厂商与大陆地方政府合作，发展台湾精品内销通路，积极行销台湾品牌之策略。