毫无疑问，一场突发的新冠病毒（俗称武汉肺炎）疫灾，打乱了两岸双方对选后两岸关系发展的部署，甚至打乱了全国施政的计划与步调。由于现阶段疫灾仍在国际急遽扩散，未来势必对全球的政治、经济与社会造成严重冲击，两岸关系也不例外，台海局势的发展会跟全球局势，尤其是美、中关系的发展紧密的结合。

两岸政府的政策与部署
蔡英文总统在胜选连任后的国际记者会上，有一段话是这么说的：「这三年多来，政府紧守著主权的底线，但也愿意和中国维持健康的交往。面对中国的文攻武吓，我们保持不挑衅、不冒进的态度，让两岸之间没有酿成严重的冲突」；「然而，中国对台湾节节进逼，并提出『一国两制台湾方案』，要台湾在主权上让步，吞下我们无法接受的条件；面对中国试图片面改变台海现状，台湾别无选择，我们必须持续强化民主防卫机制，并且建立足以保卫台海安全的国防力量」。
换言之，过去四年，蔡总统顶住内外压力坚持「维持现状」，习近平的回应却是「中国对台湾节节进逼，并提出『一国两制台湾方案』，要台湾在主权上让步，吞下我们无法接受的条件」，这就是蔡总统对过去四年两岸关系的总结，以及拟定了未来两岸政策的方向。
因此在选后，蔡总统马上提出「和平、对等、民主、对话」这八个字，作为两岸要重启良性互动、长久稳定发展的关键，也是能够让两岸人民拉近距离、互惠互利的唯一途径。所谓和平，就是对岸必须放弃对台湾的武力威胁。对等，就是双方都互不否认彼此存在的事实。民主，就是台湾的前途要由两千三百万人决定。对话，就是双方能坐下来谈未来关系的发展。这四项原则，就是为两岸谈判协商画下新的底线。
另一方面，总统选举结果揭晓后，中共国台办马上发文表态，跟著新华网的定调文章，以及第二天的环球时报与人民锐评（人民日报的网评）跟进，加上中共外交部的两度主动发言。显现中共对台湾选举结果是事先准备好的，早有规划。
国台办讲话乍看之下没有新意且强硬，但提到了「坚持和平统一、一国两制基本方针」与「两岸关系和平发展是促进两岸共同发展、造福两岸同胞的正确道路」，这是指即便蔡总统大胜，相当成分仍会坚持和统而非武统道路。
新华网专文的内容强调，「不是一场正常选举，蔡英文和民进党用欺骗、压制、恐吓等肮脏手法捞取选票」、「蓝营的内耗自损（只有这一句话）」、「西方外部政治势力公然介入台湾选举」，这三点定调成为后面环球时报与人民锐评文章详加发挥的重点。但是，该文提出「让人们深感忧虑」的问题后，有一大段中共掌握主导权、主动权的「无须忧虑」的解释，这是一种减缓紧张的说法。显然，这次宣传重点在妖魔化台湾的民主，与降低蔡总统当选的合法性。本质上属于防守，担心台湾民主会对大陆造成影响。
可见中共早已有蔡总统胜选的心理准备，几乎所有中共专家判断选后两岸关系的发展，都是「三个不会变」，即一、民进党的分裂政策不会变；二、美国打台湾牌的政策不会变；三、中共掌握两岸主动权的趋势不会变。由此，中共专家们对选后的对台政策描述或建议方向，不脱「中共看长不看短，不为一时一事所动」；「要为维持两岸关系和平发展之路不倒退付出更多心力」；「谁当选不是台海局势的决定因素，中共是看政策不是看人」；「无论由谁执政，均保持对台压力」等。
在所谓的「超越台湾选举与政党轮替、牢牢主导两岸关系」的政策思想指导下，选后中共已经预置了「政治要统一、经济要融合与社会要认同」三条政策路线。意即在继续拒绝与中断与蔡总统沟通、协商的管道下，如何绕过民进党政府进行单方面的政、经、社促统政策，「把统一、融合、认同的支点放在中共这边」。

疫灾对两岸关系的影响
就新冠病毒疫灾对两岸关系的影响而言，首先，蔡总统于1月30日就对中国大陆受到新型冠状病毒疫情冲击的民众表达关切跟慰问之意，行有余力之处，我们也愿意提供必要的协助。搭配此前准副总统赖清德、台北市长柯文哲两位医师官员对两岸合作防疫的呼吁，不能不说，台湾对中国大陆表达了人道关怀的善意。就此而言，炒作口罩要不要出口到中国大陆的人，既无知又民粹，其唯一达到的效果，就是破坏两岸关系。
其次，武汉包机问题在一开始时，的确进一步恶化两岸关系。起源于2月3日第一次包机发生登机名单混乱，甚至出现武汉肺炎确诊病例，完全不符合我方原则（短期出差、在当地无生活支撑、年幼、有慢性疾病者），中间穿插著国民党介入包机沟通的意外，引发台湾舆论强烈反弹。随后陆委会与国台办陷入相互批评与指责的阶段。但是，蔡总统仍不亢不卑的说明：希望中国必须要瞭解并尊重我们对防疫跟整个疫情掌控，毕竟我们必须要保护目前在台生活的所有人民，希望中国方面可以配合。
再来，是2月23日武汉血友病患母子成功的从成都回到台湾，直接显示，这是两岸高层沟通的良好结果。台湾疫情指挥中心明白的说，这是搭配陆委会及海基会，部署作战计划，紧急指派一名护理师随长荣班机到成都，并在机上准备隔离装备，护理师赴成都与母子会合，到通知长荣航空，不到24小时成功接回母子。
最后，3月10日武汉台湾人「二次包机」回台，由中华航空、中国东方航空共同执飞，两班包机共搭载361名国人返台。过程虽然有些波折，无论如何这又是两岸高层沟通的成功案例，显示，两岸双方政府还是有交集的共识存在。

武力恐吓，软硬矛盾
中共对台政策仍存在矛盾，即便有上述的两岸共识与交集存在。然而，2月6日中共国台办一句指控台湾「以疫谋独」，尤其是针对台湾加入世界卫生组织的强硬、不近人情、不符事实的发言，还是拉远了两岸关系的距离。
更糟糕的是，2月9日、10日与28日共军连续出动东部战区海空兵力实施战备巡航，体系化出动驱护舰、轰炸机、歼击机和预警机等多种武器装备绕台与扰台。国台办发言人说：民进党当局领导人近来不断发表具有「两国论」含义的分裂言论，摆出加大两岸对抗的姿态，加紧策划台美勾连新动作，借机谋独，公然进行危险的挑衅。中国人民解放军有关行动，是为了维护国家主权与领土完整，维护台海和平稳定。
一般的看法，这是中共为了转移国内疫情严重所作的行动，然而，这种作法不但不会让台湾屈服害怕，更不会获得中国人民的赞同与支持。习近平不是下令军队要全力支持防疫与抗疫吗？为什么解放军还在逃避保护自己人民的责任，跑出国威胁可能帮助中国防疫与抗疫的国家？

结论
中共所判断选后两岸关系的发展的「三个不会变」，是相互矛盾的，意即一、民进党的分裂政策不会变；二、美国打台湾牌的政策不会变；三、中共掌握两岸主动权的趋势不会变。前一、二项明显与第三项是矛盾冲突的。更重要的是，习近平强调的「六稳」（稳就业、稳金融、稳外贸、稳外资、稳投资、稳预期）与「七大风险」（政治风险、意识形态风险、经济风险、科技风险、社会风险、外部环境风险、党的建设风险）。现在看来，中共更需要的是「第七稳」，稳台海，与共同避免「第八风险」（台海风险）。
本来，影响未来两岸关系最大的两个关键变数是美、中贸易战与香港反送中事件；现在，中共不愿意面对的现实是：未来4年是否仍要持续过去4年两岸关系渐行渐远、台美关系越来越近的现实；以及台湾内部蓝营势力越来越小、绿营力量茁壮增强的事实。