2019年12月大陆湖北武汉爆发的新型冠状病毒，已经迅速扩散到大陆各省，从2月起疫情甚至延烧到外国，根据资料显示，3月12日大陆确诊的病例已达80,813人，死亡3,176例，义大利达15,113人、伊朗10,075人，南韩7,979人，欧洲西班牙、法国和德国的确诊病例也接近三千人，美国一千多人。对照2003年发生的非典肺炎(SARS)，新型冠状病毒对大陆经济以及两岸经贸的冲击更甚当年。一方面，大陆已经是全球第二大经济体，GDP总量高达14兆美元，与2003年SARS发生时的1.5兆美元增加了8倍多，其后也成为了世界工厂，在全球产业扮演著不可取代的地位。另方面17年前的两岸经贸关系不如今天密切，台商投资大陆及双边贸易自2001年大陆加入WTO后才开始呈现高成长，两岸之间不只还没有直航，台湾仍未开放陆资、陆客和陆生来台，相对于当前双方的频繁往来，不但SARS的全球感染人数远小于新型冠状病毒，对两岸经贸的影响也甚为微小，但这次的病毒疫情对大陆及台湾的经济都冲击甚大，我们可以分以下几个层面逐一观察：
情未止

大陆复工率仍低
首先从生产供应面来看，自1990年代初外资就不断到大陆增加制造业方面的投资，或把生产基地从本国移转大陆，初期遍布在沿海各地，至2008年金融海啸后，沿海工资上升及土地使用费用变得昂贵的因素，内陆省市例如重庆、四川、湖北、河南等纷纷成为外资新的投资偏好地，加上大陆为平衡区域发展，新兴产业如半导体及面板等都开始布局在中部，偏重以内陆大城市为重心往四周扩散。武汉是湖北的省会及交通中心，武汉在此模式及机会下快速崛起，成为中部工业重镇及人口达千万的大城。
近两年湖北以国台办的惠台31条为基础，顺势加码推出了惠台62项措施，如工商业用地的取得、税赋减免、研发经费补助等做法吸引了不少台商进驻，目前湖北约有2,600多家台商，其中约有1,100家聚集在武汉，产业类从电脑组装、汽车、食品、水泥、百货零售等，渐渐转往高科技业包括光电、生技、精密机械等，台湾知名企业如联发科、纬创、富士康、光宝、蓝天等都有在当地投资，每年也需要从台湾进口很多关键零组件。
新冠肺炎疫情爆发后，1月23日武汉封城，当地的机场、车站和对外道路都封闭，市内大众运输工具也停摆，马上就冲击到半导体、面板及汽车零组件三大上游产业，进而波及到科技业及汽车业的供应链。由于正值过年期间，工厂工人大都回乡过春节，封城后没法回到生产线上，且因疫情严重，也不会有员工愿意冒险回去，因此对科技业及汽车业产生断链效应。
各地原先把春节假期延至2月10日复工，但随著疫情越来越严重，为了防止病毒扩散，更多城市进入了封城或半封城状态，至2月初已有超过80个城市采取程度不一的进出控管措施。虽然2月底开始不少沿海城市开始复工，但复工条件极为严苛，且复工后要避免厂区发生感染，进出生产线都要有严格管制，例如要对上万以上员工先量体温，外地回厂人员也要先隔离一阵子等，这使得很多厂区真正的复工率不到六成。台湾约40%的出口外销到大陆市场，生产供应面的停顿将使大陆对台湾的进口短期内大幅减少。即使加紧复工动作，但产品绵长的生产链也很难短期内恢复正常，只要有一项零组件缺货，整件产品的生产就陷入停顿，严重冲击到许多商品的两岸供应链产能。

台湾服务业面对双重影响
二是从消费面来看，病毒在各省沦陷，大大打击到大陆的内需市场。由于疫情高峰发生在春节期间，原来是大陆民众的消费热络期，但受疫情影响，不但航空、运输、旅游等只提供有限服务以减少人群往来，相关的饭店、餐饮、零售卖场等消费场所都乏人问津。大陆在美中贸易战后，出口方面已经无法扩大，去年约有 60% 左右的GDP成长靠内需与基础建设来维持，估算疫情将影响大陆第一季GDP成长率下降约0.5至1 个百分点。近年来台商投资大陆最多的是在服务业，尤其是批发及零售，民众外出消费的减少使得商店营业额大减，也将连带降低从台湾进口消费品。
三是两岸人员往来的中断。即使去年仍有271万大陆观光客来台旅游，但为避免陆客接触台湾总统选举考量，8月开始大陆停止核发自由行通行证，并自9月起缩减陆客团数量，台湾从事旅游相关的内需产业已经备感压力。新冠肺炎爆发后基于防疫考量，2月初我方全面禁止大陆各省人士入境，希望有效阻挡疫情的入侵与扩散，其后也适用于港澳居民及两周内曾经入境或居住于中港澳的外籍人士，不仅人员没法往来，连大小三通货运也几乎停顿，依赖陆客的观光相关行业都门可罗雀。不只陆客在台消费减少，国人也因为疫情减少出门，国内服务业受到双重打击。
四是新冠肺炎产生的外溢效应，3月初疫情已蔓延至欧美等消费大国，导致各国股市进入空头，民众消费信心薄弱，国际经济成长趋缓甚至衰退，两岸都是全球商品供应链的重要一环，若国际景气因疫情而崩跌必然导致两岸的经济持续走低。一般乐观的评估认为，若各国疫情在四月份到达高峰并在第二季逐渐稳定下来，则下半年国际景气可望回复正常，民众信心恢复后，疫情期间压抑的消费将会延后出现，对全球或两岸经济的打击可望降到最小，但现在还很难评估疫情何时才可能完全好转。
分散风险

台商投资多元化是趋势
随著未来疫苗的出现以及各国管控的加强，新冠肺炎疫情总有结束的一天，但两岸的经济关系恐怕不会回到过去的密切及热络。自2008年金融海啸后大陆工资、土地、环保等经营成本不断提高，近十年来台商投资大陆呈现长期下降的趋势，台厂也逐渐把产能从大陆搬到东南亚，例如越南的人力成本就只有大陆的一半，自2018年4月美中贸易战开打以来，更逼使不少台商撤出大陆，回流台湾或投资东南亚国家，也使得很多原来外销美国的商品由大陆转由台湾出货。2019年台商大陆投资仅有42亿美元，和上年相比减少50%，台湾对大陆出口也大幅下降9%。
尤其是这次疫情暴露了大陆在健康安全上的风险，目前大陆的医疗产业尚未完全市场化，不只医护人员相对总人口比例偏低，国家投入的经费也有限，医院及医疗设备明显不足，患者的就医权利受到重大漠视。之前国人赴大陆工作人数已从2014年起连续五年下降，许多台干在疫情爆发后都有不如回台的长期打算，也可能会加速台商将来转往东南亚重新布局。过去台湾的对外投资有七至八成集中在大陆，这一次的疫情使厂商体会到一定要考虑到其他风险，不能再过度集中在单一的生产基地。从这观点来看，以后台商的投资地区必定会更为多元化，台湾经济对大陆的依赖程度也将会进一步降低。