二○○八年五月马英九总统就职之后，在两岸关系的政策上，回归「九二共识」，提出了「不统、不独、不武」的主张，快速启动两岸两会的交流与协商，并且在两年半的时间里，与大陆签订了十五项协议、达成一项共识。
　　杨开煌教授认为，马政府在两岸关系上，十分努力地为台湾寻找适当的两岸政策，但未使台湾民众增加对政府的信任。特别是两岸在国际社会发生意外龃龉时，朝野比较一致的说法，就是怪罪大陆。有些民众会认为，那么何以两岸仍需交流、交往，或者是在两岸交流、交往的过程中，何以不能协商此类议题。杨教授认为马政府在「两岸政策」上，需要一套完整的论述。
　　杨开煌教授认为马政府近三年的两岸政策，虽然有政策，有作为，也有明显的成绩，但仍不乏对政府的质疑之声。同时也因为台湾特殊的政治生态，很难出现新颖而动人的口号。
　　杨开煌教授认为，马总统的「两岸政策」是由三大元素构成，此即：「中华民国宪法架构下的不统、不独、不武」、「一中各表的九二共识」以及「以台湾为主，对人民有利」。
　　杨开煌教授主张，马政府现有的「三不」政策，尝试引导出一个和平、稳定、正常的两岸关系。但从马总统近来一些有关两岸的发言，例如提到「中华民族」、强调中华文化的价值、重视两岸文化交流、重新关怀大陆的发展、进一步回归中华民国宪法的本体等，马总统已经觉察到在两岸政策上，必须建立动人的论述，才能战胜二○一二年的挑战；只有建立系统的论述，才能引领台湾迈向黄金十年；要建立适切的论述，才能开启和平的两岸。
　　杨开煌教授分析，自马总统就任以来，经过两岸的努力，两岸关系已经出现以下的特征：
一、两岸是一种亦敌亦友的关系。
二、大陆是我们的亲戚邻居。
三、大陆的崛起对台湾是威胁也是机会。
　　因此，同时作为中华民国总统与国民党主席的马英九，必须负责任地提出政府和国民党的两岸终极目标：
一、长期和平、稳定、友好、繁荣的两岸关系，是现阶段政府的两岸政策的目标。
二、促进大陆政治平稳地发展出自己的特色。
三、在「一中」框架下，结合中共政治发展的两岸统合论。
　　而为了实现这些目标，杨教授建议马总统应朝以下几个方向努力：
一、以大陆政策指导两岸关系，在「一中各表」的前提下与北京当局进行政治接触、对话、谈判。
二、以互惠互利的原则正常化两岸的经贸关系。
三、积极推动两岸文化交流架构协议。
四、在国际间，积极推动两岸「差序共存」的「一中原则」，真正安排出台湾在国际社会适当而有尊严的位置。
五、对未来双方若进行军事交流谈判之后，台湾的国防战略构想、国军的政治教育、军事训练等相关议题预先规划，设想周延之后才能进行。
六、推动两岸和平教育，使两岸人民真正理解推动和平的途径、维护和平的方法、保卫和平的手段。
　　杨开煌教授于文末指出，马总统和马主席在明年大选前，应凝聚党内共识，提出一套在两岸关系上继往开来的政策论述，展现出政治家的担当。
　　马总统的两岸政策，应该是回归大陆政策指导下的两岸政策，两岸是亲戚性质下亦敌亦友的两岸关系；应该是大胆而自信地，开放两岸正常交往、交流，以便开启一个理性两岸、和平两岸、繁荣两岸的新时代。而马主席的两岸政策，则应该是指向台湾创新价值的两岸政策，因而也是以两岸统合为指向的两岸政策。