第二次协商于八十二年十一月二日至七日在厦门举行，双方事先经由电传联系，同意就「违反有关规定进入对方地区人员之遣返及相关问题」及「两岸海上渔事纠纷之处理」两项议题，进行实质讨论，并顺就「两会会务人员入出境往来便利办法」，进行讨论。双方也得就各自关切之问题交换或听取意见。大陆方面除海协会人员外，视议题种类，有「公安部」、「农业部」、福建「公安厅」及「台办」人员则以海协会专家名义参与。

　　十一月二日双方就遣返议题进行商谈；三日谈渔事纠纷之处理；四日上下午分别就前开二议题再交换意见，五日上午谈劫机犯，下午谈两会会务人员入出境往来便利办法；六日就前四天之议题再综合交换意见；七日双方就劫机犯再行讨论，大陆方面曾提出何时商谈经济议题之问题，我方则表示态度已经清楚，另提出台商在大陆投资经营之实际问题，促其改善。

　　总结在六天的商谈中，大陆方面对议题草案中牵涉管辖权等政治原钊，均采回避的态度，并同在讨论遣返议题中夹带「小额贸易」、「大陆劳工来台」等经济问题，我方自无法接受，双方无法对解决问题重要的原则达成共识，因此，本会代表团于十一月七日结束商谈，八日返回台北。

　　本次会谈中，双方已就遣返、渔事纠纷等问题进行实质商谈，较诸八月份海协会「只听不谈」之状况已然有所进展，就解决商谈之原则性问题，双方固然有所纷歧，惟此均肇因于「一国两区」或「一国两制」之认知不同，尚需各自思考调整，以谋求解决，非一时能达成协议，唯双方立场已相对清楚，本次会谈虽未达成最后协议，然已取得中间成果，有利于下一回合之商谈。