八十三年十月底，本会依协议建议在上海或南京进行第六次后续事务商谈。海协会同意在南京举行。

　　十一月廿一日，本会副秘书长许惠祐一行十二人搭机赴南京。是日晚，许副秘书长与海协会孙亚夫进行工作会餐，商定议程及行程。海协会方面以我方不同意安排其他各项议题商谈之时间表为由，拒绝将在大陆公告继承遗产之相关事宜列入议程。

　　十一月廿二日上午，本会代表首先前往中山陵向　国父孙中山先生陵寝致敬，许副秘书长应记者要求，阐述对国父思想之理解。下午，首先就「两岸劫机犯等遣返及相关事宜」进行商谈。

　　十一月廿三日上午，双方就「违反有关规定进入对方地区人员之遣返及相关事宜」进行商谈；下午则就「两岸海上渔事纠纷之处理」进行商谈。总结在第一回合之商谈，因海协会不愿交换文本讨论，以致进行迟缓，又大陆方面虽称焦唐共识不能更改，然却擅自依其需要就共识文字纪录多所增减，以致会谈进展有限。

　　十一月廿四日上午，双方首度就「增办两岸快捷邮件业务」进行讨论，我方建议在原挂号协议基础上进行协商，大陆方面却一再坚持将物品列入开办范围，在联系上则由双方邮政单位直接接触，并主张传递方式系「得由第三地转运」，企图突破原有协议之架构，而达成通邮、通货，甚至通航之目标，以致于双方无法深入讨论开办之技术面问题。下午，双方则就「增加寄送公证书副本种类等事宜」进行讨论，双方确定文字为「财团法人海峡交流基金会与海峡两岸关系协会、中国公证员协会依据『两岸公证书使用查证协议』第二条规定，商定增加涉及税务、病历、经历、专业证明等四项公证书副本」。双方并同意以换文方式生效实施，有关生效时间，我方建议及早生效以服务民众，大陆方面则藉词其所涉机构众多，坚持自明年二月一日生效。会谈中，双方并结算文书查证费用，自八十三年一月一日起至八十三年六月卅日止，我方计应付大陆二五、四○五美元。

　　十一月廿五日上午，双方就「两岸劫机犯等遣返及相关事宜」进行第二回合之商谈；下午则就「违反有关规定进入对方地区人员之遣返及相关事宜」进行第二回合之商谈。

　　十一月廿六日上午，双方就「两岸海上渔事纠纷之处理」进行第二回合之商谈；下午则就「增办两岸快捷邮件业务」进行第二回合之讨论。

　　十一月廿七日上午，双方就三项年度议题进行综合商谈；下午，则就「两岸海上渔事纠纷调处规则」进行讨论。

　　本次会谈之重点乃在于就三项议题商定文本，并进行草签。虽然双方在八月初就关键性问题已取得高度共识，惟又枝节横生，无法如各界预期，商定协议文本。