1990年11月21日召开海基会捐助人会议，由原始捐助人共同捐助基金新台币(以下同)6亿7,000万元成立；1991年至2021年陆续收到各界捐助款计14亿7,300万元，另经第11届董监事第5次联席会议审议通过，并于2022年4月26日经大陆委员会许可，以基金填补累积短绌3,583万3,193元，合计法定基金总额为21亿716万6,807元。

依本会「捐助暨组织章程」第三章，本会之会计年度，与政府之会计年度同。本会应于会计年度开始前拟定业务计画及预算，提报董事会审议通过，报请主管机关办理。本会基金之保管及运用，应于会计年度终了后编制基金保管及运用报告、暨全年度决算，经监事查核，提报董事会审议通过，报请主管机关办理。

依本会「捐助暨组织章程」第五条，本会经费之来源为：基金运用之孳息、委托收益、政府或民间捐赠、提供服务及其他收入。