依海基會組織章程規定，董事會為決策機構，置董事43人至53人，掌理基金之籌募、業務計劃及預算之審議等；另設監事6人，掌理基金之稽核，財務狀況之監督等事宜。置董事長1人，對外代表海基會；置副董事長1至3人，襄助董事長處理會務；設秘書長1人，承董事會之命綜理事務。另置副秘書長1至3人，主任秘書1人，並設有文教處、經貿處、法律處、綜合處、秘書處、人事室、會計室，分掌相關業務，另為服務中南部民眾辦理文書驗證及諮詢，應行政院指示分別於88年底及92年中成立南區及中區服務處，與行政院南部聯合服務中心及中部聯合服務中心合署辦公。113年5月20日、8月27日分別經主管機關陸委會同意本會派員進駐行政院處理試辦通航事務金門、馬祖行政協調中心服務，於金門、馬祖地區辦理服務兩岸往來民眾等事宜。

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文教處

• 兩岸教育、藝文、大眾傳播、宗教、科技、交通、旅行之交流、協調、聯繫及處理。
• 兩岸教育、藝文、大眾傳播、宗教、科技、交通、旅行及相關議題協商與研究。
• 兩岸教育、藝文、大眾傳播、宗教、科技、交通、旅行之資訊蒐集及諮詢服務。
• 大陸地區臺商子女、臺商學校教職員、赴大陸就學之臺灣地區人民、來臺灣就學之大陸地區人民之聯繫及服務。
• 臺灣地區人民在大陸地區停留權益保障及兩岸人民往來與人身安全之協調、聯繫及處理。
• 兩岸天然災害賑災協處。
• 其他有關事項。

經貿處

• 兩岸經濟、產業、財稅、金融、農漁業之交流、協調、聯繫及處理。
• 兩岸經濟、產業、財稅、金融、農漁業之議題協商與研究。
• 臺商人身安全與經貿糾紛之協調、聯繫及處理。
• 臺商在大陸地區從事經貿活動及陸資來臺之聯繫與服務。
• 兩岸經貿資訊之蒐集與諮詢服務。
• 其他有關事項。

法律處

• 兩岸文書驗證及查證。
• 兩岸文書送達、調查證據及相關行政、司法協助事項。
• 兩岸民事糾紛、犯罪防制及所涉人身安全之協調、聯繫及處理。
• 兩岸食品安全、醫藥衛生及勞動事項之交流、協調、聯繫及處理。
• 兩岸法律交流與大陸地區法規之蒐集及諮詢服務。
• 兩岸協商與會談規劃、聯繫及處理。
• 其他有關事項。

綜合處

• 大陸情勢與兩岸關係之資訊蒐集、研析、民調、企劃及出版。
• 與國內外研究機構、專家、學者聯繫、交流及合作。
• 國會聯絡及服務。
• 公共關係及外賓之聯繫、接待。
• 文宣規劃執行及國內外宣達。
• 媒體聯繫、新聞發布及輿情反應。
• 資訊之規劃、執行及維護。
• 會務人員研習、訓練。
• 其他有關事項。

秘書處

• 董事會相關事宜。
• 重要會議議事及決議事項管考。
• 辦公廳舍營繕及管理事宜。
• 出納、採購、稽核、財產及其他事務管理。
• 印信、文書、電務、郵務及檔案管理。
• 通訊之規劃、執行及維護。
• 機要事務。
• 本會災害防救之聯繫及安全防護。
• 其他有關事項。

人事室

• 組織編制、任免、遷調及其有關事項
• 考核、獎懲、考績(成)及其有關事項
• 待遇、福利、保險、退休、撫卹及其有關事項
• 人事資料管理及其有關事項

會計室

• 預算編製、財務統計及其有關事項
• 原始憑證審核、編具記帳憑證及其有關事項
• 會計制度設計事項
• 決算編報及其有關事項
• 機關團體所得稅及其有關事項

中區服務處

• 大陸地區文書驗證事項
• 兩岸交流事務之諮詢服務事項
• 其他經核定之交辦事項

南區服務處

• 大陸地區文書驗證事項
• 兩岸交流事務之諮詢服務事項
• 其他經核定之交辦事項