針對自由時報社論「黨國一體公私不分的海基會」一文，海基會聲明如下：

一、 海基會受政府委託處理有關兩岸協商、交流、服務的各項工作，全國民眾不分黨派，皆是海基會的服務對象。江董事長有關「民進黨與大陸交流，如有需要海基會也願意幫忙」的發言，亦是本此原則，基於善意，協助民進黨在互動中瞭解大陸，並無逾越分際之處；此外，關懷台商是海基會天職，更沒有所謂公私不分的問題。
二、 江董事長對香港媒體詢及有關選舉結果的發言，主要是強調兩岸和平的環境是台灣競爭力以及經濟發展的關鍵。過去4年兩會簽署的16項協議，均係在政府的授權下，由雙方主管機關官員及陸委會與海基會協調聯繫下，秉持「對等、尊嚴」及「以台灣為主、對人民有利」的原則，多次折衝談判才談成，該報所指江董事長扮演大陸黑手的談話，完全是不實的誣蔑。
三、 有關海基會興建辦公大樓，有其必要，主要考量因素如下：
1. 本會原址使用已達18年，早已不敷使用，且設備陳舊，另2008年兩岸兩會恢復制度化協商以來，海基會各項業務均急劇增加，以文書查、驗證為例，較往年同期成長超過50%，辦公空間已嚴重不足。
2. 本會每年租金三千三百餘萬元，二十年來之租金已足可建一大樓，為節省每年繳納高額房租的財務負擔，考量政府財政困難，海基會乃自籌經費興建辦公大樓。
3. 新辦公大樓可提供民眾寬敞的洽公環境，更能提升為民服務品質。