媒體報導，民進黨立法委員指稱海基會今天修改組織章程，恐有「自肥」嫌疑。海基會表示，本章程修正案係於江丙坤前董事長任內通過，並非由林中森董事長提出。提出本修正案之目的，係因應當前兩岸新情勢應有專職董事長之需要，以期建立海基會的長久制度，絕非因人設事，酬庸自肥。
　　海基會受政府委託處理兩岸事務，自97年6月恢復兩岸制度化協商後，兩岸交流往來更趨頻繁，本會各項業務急遽成長，相關會務之規劃與推動，均有賴董事長專職投入。董事長由無給職改為得有給職，符合當前兩岸情勢所需。