針對少數媒體有關海基會修訂組織章程，將董事長改為「有給職」之批評，海基會特別表示，海基會設立之初，尚在起步階段，敦聘企業界德高望重之辜振甫先生擔任董事長，並非專職，故無薪資之問題。
　　江董事長於九十七年五月接任海基會董事長，兩岸恢復協商，四年多時間舉行八次會談，簽署十八項協議，而且兩會交流頻繁，海基會董事長責任艱鉅，需全心全力投入，已有專職之實。董事長一職雖有專職之需要，且有修改章程修訂為「有給職」之議，但江董事長泱泱大度，考慮於其任內不宜修訂，但認為實有建立長久制度之必要，方符合當前兩岸新形勢所需，故於卸任前主動提出於本次董事會修訂組織章程。
　　目前政府捐助成立之財團法人，董事長如為專職，均為有給職。本會組織章程修訂，尚需報經主管機關核定，未來本會董事長薪資將根據行政院訂定之「政府捐助之財團法人從業人員薪資處理原則」，由主管機關陸委會召集外部學者專家及會計師等審定。林中森董事長並指示，考量當前國內薪資情況及外界觀瞻，薪資不宜過高。林董事長特別強調：「我是來為國家做事，對薪資不會計較。」
　　海基會強調，董事長專職係基於兩岸情勢及職責之需要，以建立制度為考量，未來由誰擔任董事長均適用，絕非量身訂做，因人設事；在江董事長卸任前建立制度，更非自肥。