第二次「兩岸協議成效與檢討會議」於103年2月20日至21日在湖南長沙華天酒店舉行，海基會張副董事長率我協商代表團，與大陸海協會鄭立中副會長等海協會協商代表團進行商談。會中除針對兩岸所簽署協議之執行情況及成效進行檢視外(「兩岸協議執行成效資料」如附件一)，也就部分協議在執行過程中應予強化或改善的方向，共同確認後續處理的作法，在此次會議中針對9項協議，獲致階段性成果。
　　海基會表示，在2天的會議中，雙方對於各自及民眾關切的議題，深入討論及交換意見，在空運、海運、醫藥衛生合作、共同打擊犯罪、金融協議等議題，都獲得進一步進展。
　　有關空運協議方面，為增進兩岸旅客的便利性及直航的進一步發展，有關「大陸旅客來臺中轉」議題，大陸高度重視，同意研究可行方案。另為減少雙方航空公司行政及成本負擔，陸方可核發機組人員3-5年效期多次入出境許可，我方可核發機組人員3年效期多次入出境許可，雙方同意儘速完成相關程序，透過兩會通知確定實施日期。至有關大陸航空公司來臺駐點人員人數限制及兩岸新增航路等議題，我方表示予以研究。海運協議部分，我方也針對幾項攸關提升臺灣經濟發展動能的協議及議題，與陸方積極溝通，雙方同意積極推動兩岸駛上駛下船舶運輸和車輛互通，並同意推動簡化通關作業程序，並同意擴大兩岸高速客貨船發展，研究港口發展海運快遞。
　　在醫藥衛生合作協議方面，為推動落實醫藥品研發合作，雙方同意在「兩岸醫藥衛生合作協議」及「兩岸醫藥品安全管理及研發工作組」雙方商談的基礎繼續進行藥品研發相關合作之事宜。關於兩岸金融合作協議，雙方認為銀行業合作成果豐碩，在本次會議中，大陸方面同意積極研議繼續對臺資金融機構申請合格境外機構投資者(QFII)資格給予便利。有關將臺灣證券交易所、期貨交易所列入大陸允許合格境內機構投資者(QDII)投資金融衍生產品的交易所名單乙項，大陸方面正在修改相關規定，待完成相關程序後即可實施。雙方同意，對於未來加強兩岸金融交流與合作，將持續透過兩岸金融監管合作平臺機制溝通，共同深化交流，以促進兩岸金融業之共同發展。
　　有關兩岸共同打擊犯罪協議方面，雙方同意完善人身安全通報與通知機制，保障民眾人身自由與安全，並解決電信詐騙罪贓返還，合作打擊在對方犯罪逃回己方人員，以彰顯公平正義；有關落實通緝犯遣返回臺部分，協議至今雙方相互遣返刑事犯近四百人，其中包括雙方民眾關注之部分要犯；我方於本次會議再次提出指標性具體個案，雙方將積極協力依照協議處理(「兩岸協議執行檢討階段性成果」如附件二)。
　　有關三聚氰胺求償事宜，我方在會上提出，雙方並充分交換意見，兩會願意再協調促進雙方有關業者見面，循協商、調解或司法程序解決此一問題。
　　有關兩岸經濟合作架構協議(ECFA)後續商談，雙方認為應儘速完成貨貿及爭端解決協議的協商；並以經合會為平臺，持續強化兩岸經濟合作。張副董事長在會中強調，5年多來，兩岸兩會簽署了19項協議，不僅務實解決許多兩岸交流所衍生的相關問題，也為兩岸人民帶來許多好處，兩岸制度化協商為兩岸創造互惠雙贏的成果，並帶來兩岸關係和平穩定與繁榮發展。
　　海基會表示，本次「兩岸協議成效與檢討會議」已圓滿結束，未來政府將在既有的兩岸協議檢討機制上，針對本次會議檢討議題，持續關注後續追蹤，也將於會議後由陸委會召開跨部會協調會議，以建立追蹤機制，展現政府落實之決心，為兩岸人民創造更大的利益。
　　海基會指出，本次兩會亦針對兩岸兩會第十次高層會談舉行工作性商談，雙方針對會談安排交換意見，並確定於2月26日至27日在臺北舉行高層會談，主要安排包括預備性磋商、正式會談、簽署「海峽兩岸地震監測合作協議」、「海峽兩岸氣象合作協議」、記者會、王主委會見及相關參訪活動等。