針對外界質疑國統綱領已經終止適用，海基會是否仍有存在之意義，海基會秘書長游盈隆表示，就法理而言，海基會是依據民法成立的財團法人組織，其籌設及完成設立登記日期均早於國統綱領的制定；就業務運作而言，海基會是接受政府授權處理兩岸人民往來涉及公權力有關事項的民間單位，每年處理相關服務案件高達30萬件。因此即使終止適用國統綱領，並不影響海基會存在的目的與價值，而該會董事長張俊雄於日前所言「海基會非依據國統綱領而成立的」並無任何不妥。

　　游盈隆表示，回溯當初海基會成立的過程，最早可以回到民國79年5月16日，國民黨中央大陸工作指導小組通過籌設「海峽基金會」的計畫草案、組織結構及職掌，同年6月行政院初步核定，在當時「國統會」都還沒成立(同年9月才成立)，同年11月21日海基會依民法有關規定正式召開捐助會議，並舉行第一屆董監事會議通過該會名稱及「捐助暨組織章程」，同年11月26日海基會依據章程暨有關法令向行政院「大陸工作會報」申請設立許可。 80年2月8日陸委會函覆海基會准予設立，同日海基會依民法有關規定向台灣台北地方法院完成設立登記， 3月9日正式掛牌運作。反觀國統會係於同年2月23日才通過「國家統一綱領」，3月14日經行政院第2223次會議通過。因此從時間先後順序而言，海基會並非國統綱領通過後才設立的。

　　游盈隆進一步表示，從法理上來說，海基會是依據民法成立的財團法人組織，依據「兩岸關係條例」接受政府授權委託處理兩岸人民往來涉及公權力有關事項的民間單位，因此其設立與運作分別受民法及兩岸關係條例之規範。至於國統會及國統綱領均未經立法院通過，並非依法設立機關及法律，與海基會或許有政治上的淵源，但是並無任何法律上的關聯性。

　　游盈隆強調，目前兩岸交流頻繁，因交流所衍生涉及人民權益事項的問題層出不窮，由於兩岸官方不來往，彼此間沒有派駐機構，及政府對海基會之委託及授權仍然存在下，諸如文書查驗證、人身安全維護、經貿糾紛協處，兩岸人民急難救助等，都須由海基會來協處，每年30萬件的服務案件正充分說明了這個事實；而根據最新的民調也顯示，有高達八成一的民眾認為海基會有必要繼續存在，海基會同仁一定會兢兢業業，全力以赴為民眾服務，以無負民眾的殷切期待。