有關10月13日晚間在大陸廈門大學就學的薛姓與廖姓兩位台灣學生於餐廳用餐，遭該校教職員數人毆傷，送廈門中山醫院接受醫療乙事，海基會於10月14日傍晚接獲訊息後，第一時間即透過兩岸兩會緊急聯繫管道電話通報海協會並致函該會要求大陸方面：（1）給予兩名受傷學生妥善醫療救助（2）嚴懲不法（3）查明真相（4）協助後續賠償事宜。海基會表示，大陸海協會在接獲通報後，已協調當地有關部門處理。海基會並於14日晚委託廈門台商協會代表本會前往醫院探視兩名學生，並致贈慰問金。
海基會對此事件表示遺憾，希望廈門大學能嚴懲肇事人員，由於台灣學生赴大陸就讀大學不在少數，海基會同時呼籲學生在課業進修外，對於自身安全亦應小心注意。如發生急難事件，歡迎直接撥打海基會24小時緊急服務專線：02-27129292(自101年4月9日凌晨零時起，改為「02-25339995」)，海基會將有專人提供相關諮詢與服務。