針對媒體報導台灣團結聯盟黃昆輝主席發布新聞稿質疑海基會高層出訪頻仍，是否在第三地和中國大陸接觸一節。海基會特別澄清指出，為宣揚我政府兩岸政策，說明兩岸關係進展，江董事長在處理兩岸事務之餘，也會配合外交部、僑委會、外國政府或海外台商及僑社邀請或安排，前往海外進行宣慰僑胞、座談演講與拜會當地政要等活動，以爭取外國政府、海外僑民、台商及國際友人對我的支持。所有出國行程均公開、透明，出發前均由海基會以新聞稿方式對外公開，相關出訪行程資訊均可向邀請單位或駐外代表處查證。
        海基會表示，自從兩岸恢復制度化協商後，所有議題的協商都是在經陸委會完成法定程序並授權本會才能啟動，而且所有議題協商都是在陸委會指導、監督及實際參與下，和各相關部會共同組成一個協商團隊與大陸方面各個議題協商代表，在兩岸兩地輪流舉行。總而言之，現在兩岸的協商是制度化、法制化，且對等在兩岸兩地有尊嚴的正規談判。此外，江董事長是海基會榮譽職，是服務兩岸的志工，並不參與具體協商工作，也不負有密使任務，每次出國訪問僅有隨員一人同行，不可能、也不必要利用國外場合和大陸方面私下接觸。
        海基會強調，我方和大陸的協商都是根據「以台灣為主，對人民有利」的指導原則來進行，而為了對全民負責，陸委會賴主委4月1日也特別公開地向媒體說明了目前協商進度；不僅如此，為了表示對國會參與與監督的尊重，未來正式會談前陸委會及相關部會也會前往立法院提出專案報告，說明我方協商方案與立場。至於各個議題協商過程中，基於維護我方利益與談判策略考量，並不適宜全盤透明公開，以免籌碼盡失，唯一旦雙方達成協議，均會依照法定程序送請立法院進行審議或備查，交給人民公開檢驗，無所謂黑箱作業之情事可言。〈2009/04/03〉