兩岸關係複雜且獨特，在沒有官方接觸、政府公權力無法直接介入處理的情況下，
兩岸交流所衍生的各種問題，只能透過具有民間性質、
但由政府委託指定執行公權力的機構，來擔任中介角色。
這個經常被外界稱為是政府「白手套」的單位，就是海基會，
在大陸的相應組織，則是海協會。

海基、海協成立後，兩岸開始啟動半官方的互動往來，二十年來，兩岸兩會的「協商」功能，偶爾因兩岸關係冰凍而暫緩，不過，海基會服務台商的功能，卻是二十年如一日。
「海基會剛成立時，經貿處只有十個人，昔日大陸台商不過五萬多人，現在的經貿處只加了兩位同仁，但應對的卻是百萬台商，」海基會主任秘書廖運源如是說。他解釋，「二十年前海基會剛成立時，海基會成立宗旨就是『中國的、善意的、服務的』」，所謂「服務的」，指的主要就是服務台商。
海基會經貿處處長陳榮元回憶，海基會在一九九一年三月成立時，即迅速規劃台商資訊、諮詢等各項服務工作，但當時政府尚未訂定赴大陸投資許可法規，所以有關機關及海基會都欠缺台商資料庫。那年六月，他奉派赴大陸參加深圳台商協會一週年慶活動，海基會自此開始有系統地建立台商聯繫服務網絡。
當時，經貿處也大量與台灣地區各產業公會展開接觸，透過舉辦座談會、研討會的方式，瞭解已赴大陸投資廠商的經營問題與困難。同時，也鼓勵在大陸同一地區投資的業者籌組台商協會，以利在彼岸相互聯絡感情、解決困難。
到一九九五年時，大陸已成立三十八家台商協會。海基會開始規劃辦理大型台商集會活動，除了讓各協會交換運作經驗及服務台商心得之外，也安排與政府機關代表面對面溝通，當場討論並解決問題。「這項活動後來固定在每年春節、端午節及中秋節前後舉辦，形成大陸各地台商之間，以及台商與政府聚會溝通的平台」陳處長說，「現在大陸地區已有一百一十五家台商協會，超過三萬家台商企業加入當地台商協會。雖經十餘年，各地台商協會對參加三節活動熱度不減，辦理規模愈來愈大。」
除了服務台商、舉辦大型台商活動與台商溝通聯繫外，海基會另一個重點業務，則是協處台商案件。
回想起兩岸開放交流初期，陳處長說，前往大陸投資的台商還不算多，那時候海基會除了向台商提供赴大陸投資的專業諮詢服務以外，還包括協處台商人身安全及急難救助案件，很多台商或家屬都會在第一時間打電話到海基會來，希望協助處理。其中，最常發生的人身安全案件類型，包括因案羈押、失蹤、意外或因病身亡、遭搶劫傷害或恐嚇勒索、遭人殺害、遭非法拘禁等；在協處經貿糾紛案件方面，常見類型則包括大陸官員欠缺法治觀念、地方政府越權審批、合資中方強取豪奪、當地村民圍廠抗議、司法不公執行困難、假貿易真詐財、合同糾紛、土地糾紛、商標侵權以及台商詐騙台商等等。
陳處長表示，將近二十年來，兩岸經貿往來升溫，不但案件數量增加，案件類型也日趨複雜，但海基會同仁的服務品質，卻從來沒有因此稍有鬆懈。無論是在假日還是半夜接到求助電話，都會立即處理，這都是基於服務台商的職責與熱忱。也因此，海基會常常接到台商或家屬的感謝函，感謝同仁細心負責的協助，使得台商或家屬能在第一時間，就獲得積極有效率的幫助。
廣州台商協會會長程豐原表示，海基會服務台商的功能，幾乎是包山包海。舉凡有人在大陸被偷了、被殺了、被搶了，很多人不是找當地台協幫忙，就是找海基會幫忙，「海基會服務功能做得非常到位，也很親切，總是很快讓求助者焦急的心，很快平復下來。」根據海基會內部統計，海基會成立迄今，被定義為「重要」的經貿服務案已超過四千件。海基會在台商最需要服務的時刻，提供即時幫忙，甚至還有大陸台商碰上工廠被圍、或是工廠發生大火的緊急時刻，在第一時間打電話向海基會求救，也是由海基會資深同仁即時提供步驟式指引。
大陸台企聯總會長、前東莞台協會長郭山輝也說，和海基會的聯繫，幾乎可以做到二十四小時，溝通管道不僅暢通而且全年無休，「一發生急難事件，隨時都找得到海基會來幫忙協處，而且效率很高。」目前大陸已成立的一百多個台商協會中，包括東莞、廣州、上海、廈門、上海、北京等資深台商協會，迄今都還在秘書處保留了一大疊與海基會共同協處、服務台商的案例。
海基會協助處理的台商案件中，有不少案件曾經占據過媒體重要版面，或是在兩岸經貿交流史上書寫過歷史紀錄。例如，二○○一年元月發生在廣東佛山的台商五人命案，這起駭人聽聞的事件發生後，來自台灣的犯案人就立刻潛逃回台灣，由於當時兩岸沒有司法互助，也讓兩岸警方對於如何偵查案情一籌莫展。
知情人士表示，佛山命案發生後，海基會就與佛山台商協會展開密切聯繫。「佛山命案的發生，顯示台商人身安全亮起紅燈，海基會基於家屬請求，期盼此案能盡快找出真相，把該定罪的人給定罪，大陸則期盼能趕快破案，以恢復當地的安寧。」他指出，在佛山台商協會居中協調下，佛山當地公安廳同意與台灣警方合作，將命案現場蒐集到的犯罪、口信資料與鑑識報告，提供給台灣作案情偵辦參考，「當時雙方人馬就約在澳門交換資料，資料厚厚一大疊，非常詳盡，這也是兩岸五十年來，首度出現第一宗的犯罪資料互換。」
海基會近期處理的另一起經貿協調案，即二○一○年十二月十八日至二○一一年一月三日，廣東惠州舉辦「博羅千米文化成果展」，當時台灣有四十餘位小吃業者受邀參展，行前業者一共繳交人民幣八萬元（約新台幣三十六萬元）的參展費，又自費備置機票、食宿和食材；不料，到了當地卻被告知不能使用瓦斯烹煮食物，十二月二十二日時更被要求不准繼續參展。
當時，承辦的傳媒公司推說不知有此規定，讓我小吃業者求助無門，且生活旅費即將用罄。於是在十二月二十四日下午，緊急打電話回台灣向海基會求助，海基會在當天下午，立即透過海協會和惠州台商協會長張秋進協調處理。
博羅縣人民政府了解相關情況後，決定在二十七日先墊付人民幣二十萬元（約新台幣九十萬元）補償給業者，讓業者返台，之後再進行內部求償。經由當地政府明快的處理，整起事件終於圓滿落幕。
海基會服務台商歷史長達二十年，即使是在兩岸關係最低潮時刻，海基會不受政治或時空的阻礙，在二○○五年八月三十日正式成立「台商服務中心」，設立台商服務專線（○二︱二七一五一九九五）。在發生台商人身安全與經貿糾紛、協助台流返台案件時，積極發揮協處功能。此外，海基會更致力於強化台商聯繫及提供專業的資訊與諮詢服務，例如：舉辦三節台商座談聯誼活動；舉辦「兩岸經貿講座」、「台商諮詢日」活動；辦理大陸台商產業升級輔導及教育訓練；舉辦台商產官學專題研討會；出版「兩岸經貿月刊」、「台商諮詢Q&A彙編」、「錢進中國︱您不可輕忽的前車之鑑」、「台商大陸生活手冊」；建置「兩岸經貿網」；遴選台商財經法律顧問，強化諮詢服務的廣度與深度。
二○○八年五月，海基會江丙坤董事長與高孔廉副董事長上任後，由於兩岸關係改善，兩會制度化聯繫、溝通功能恢復並逐漸強化，海基會不但積極執行政府委託授權的「協商」、「服務」、「交流」三大任務，對台商的服務工作也明顯轉型，採取多元化、即時化、現地化的型態。例如：籌組關懷台商訪問團，由海基會江丙坤董事長或高孔廉副董事長率團，探訪台商密集城市並舉行座談會，實地了解台商經營問題與需求，藉由與當地官員會見，或透過海協會轉請大陸相關部門，提出具體的因應對策，協助台商解決面臨的各項問題。
今年正逢海基會成立二十周年，不少大陸台商會長感佩之餘，也期盼海基會業務更加蒸蒸日上。郭山輝表示，海基會的預算一直以來都相當拮据，希望政府能多多補助海基會，讓海基會服務台商功能可以作得更好。他也期盼，海基會能早日到大陸設立據點，如此一來，不僅更接近台商，也能真實、一線傳達台商的心聲。程豐原則說，海基會不僅是服務台商，也肩負著與大陸政府協商的重任，「希望海基會與大陸海協會協商中的兩岸投保協議能盡早底定、付諸實行，讓台商投資大陸可以更安心、安全，實質提升台商權益。」