一九九○年代以來，兩岸經貿往來日益深化，大陸已為台灣第一大出口市場及第二大進口來源，兩岸貿易結構也明顯朝向技術密集化發展。同時，大陸已成為台商投資最多的地區，呈現技術密集化、大型化、集團化，並開始重視大陸內需市場與服務業投資。
　　然而，兩岸經貿發展也存在經貿體制差異的問題，台灣對大陸物品仍然存在進口限制、大陸低價產品影響台灣產業、台灣產品出口面臨大陸貿易障礙與反傾銷調查等問題，而台商大陸投資也有許多制度性和營運的障礙，以及台商投資權益保障不足問題。
　　ECFA的簽署，將建構兩岸經濟制度化機制，使兩岸依據「逐步推動、先易後難」原則，漸進實現「兩岸經貿自由化」。如此，將促使兩岸貿易與大陸擴大內需政策結合，促進兩岸分工模式之調整，增加服務業開拓大陸市場之機會，使陸資來台進一步擴大和自由化，也將促進兩岸新型產業合作。
當然，ECFA執行成效、後續協商壓力，以及「十二五規劃」牽動兩岸產業競爭，是台灣必須面對的挑戰。因此，台灣對於ECFA的執行、後續談判進行、兩岸海關、產業合作、協助台商轉型及拓展大陸內銷通路，都應有積極推動之策略。
　　總之，在兩岸實現直接三通、開放陸資來台投資、開放大陸商務人士來台，以及兩岸經貿往來逐漸「雙向化」之趨勢下，ECFA將為兩岸經濟關係正常化與自由化，建構制度化的協商互動機制，以更廣泛的「新經貿關係架構」，全面性處理兩岸經貿衍生的各項問題。
　　展望未來，綜觀ECFA之執行、大陸經濟轉型與「十二五規劃」對兩岸經貿之影響，首先，政府應積極規劃提升後ECFA時代台灣競爭力的兩岸分工策略，努力建構台灣作為支援大陸生產基地提升附加價值的來源，而讓台商企業逐漸轉型，把過去的「代工」型態轉變成國際大廠的「研發」夥伴，將是一個必要的發展方向。
　　其次，就ECFA後續談判而言，由於貨品貿易、服務貿易、投資保障等實質談判，將涉及台灣農業、工業與服務業市場開放與兩岸之利益交換，亟需作整體考量。對此，除應注意可能衍生的兩岸產業競合趨勢與相應配套措施外，對於後續自由化開放項目的選項，也應釐清雙方產業之優劣勢、大陸推動之產業振興、戰略性新興產業政策規劃可能衍生之競爭趨勢，才能提出「對台灣有利」的談判策略。
　　第三，就兩岸經濟與產業合作而言，由於ECFA與十二五規劃同時在二○一一年實施，自然成為兩岸在十二五期間互動、推動經濟合作之平台。對此，台灣應主張將「十二五規劃」列ECFA經濟與產業合作之對話議題，特別針對大陸未來在「擴大內需」與「戰略性新興產業」之各專項規劃中，將兩岸產業分工與合作搭橋列為推動項目，才能找到兩岸中長期發展之合作方向。
　　同時，台灣在推動「兩岸產業搭橋專案」時，更應思考兩岸合作在台灣相關產業發展願景中的定位，以及所追求的長期目標，才能提出台灣對兩岸產業交流合作的長期戰略。特別是，由於兩岸產業合作均涉及貿易、技術合作、研究發展、相對投資等往來法規的開放與調整，必須有整套規劃，才能真正達到「兩岸產業雙贏」目標。
　　最後，為協助台商更為即時掌握大陸擴大內需相關政策之具體商機，政府應積極運用「兩岸經濟合作委員會」的產業合作小組，提出協助台商轉型及促使台灣廠商與大陸地方政府合作，發展台灣精品內銷通路，積極行銷台灣品牌之策略。