毫無疑問，一場突發的新冠病毒（俗稱武漢肺炎）疫災，打亂了兩岸雙方對選後兩岸關係發展的部署，甚至打亂了全國施政的計畫與步調。由於現階段疫災仍在國際急遽擴散，未來勢必對全球的政治、經濟與社會造成嚴重衝擊，兩岸關係也不例外，台海局勢的發展會跟全球局勢，尤其是美、中關係的發展緊密的結合。

兩岸政府的政策與部署
蔡英文總統在勝選連任後的國際記者會上，有一段話是這麼說的：「這三年多來，政府緊守著主權的底線，但也願意和中國維持健康的交往。面對中國的文攻武嚇，我們保持不挑釁、不冒進的態度，讓兩岸之間沒有釀成嚴重的衝突」；「然而，中國對台灣節節進逼，並提出『一國兩制台灣方案』，要台灣在主權上讓步，吞下我們無法接受的條件；面對中國試圖片面改變台海現狀，台灣別無選擇，我們必須持續強化民主防衛機制，並且建立足以保衛台海安全的國防力量」。
換言之，過去四年，蔡總統頂住內外壓力堅持「維持現狀」，習近平的回應卻是「中國對台灣節節進逼，並提出『一國兩制台灣方案』，要台灣在主權上讓步，吞下我們無法接受的條件」，這就是蔡總統對過去四年兩岸關係的總結，以及擬定了未來兩岸政策的方向。
因此在選後，蔡總統馬上提出「和平、對等、民主、對話」這八個字，作為兩岸要重啟良性互動、長久穩定發展的關鍵，也是能夠讓兩岸人民拉近距離、互惠互利的唯一途徑。所謂和平，就是對岸必須放棄對台灣的武力威脅。對等，就是雙方都互不否認彼此存在的事實。民主，就是台灣的前途要由兩千三百萬人決定。對話，就是雙方能坐下來談未來關係的發展。這四項原則，就是為兩岸談判協商畫下新的底線。
另一方面，總統選舉結果揭曉後，中共國台辦馬上發文表態，跟著新華網的定調文章，以及第二天的環球時報與人民銳評（人民日報的網評）跟進，加上中共外交部的兩度主動發言。顯現中共對台灣選舉結果是事先準備好的，早有規劃。
國台辦講話乍看之下沒有新意且強硬，但提到了「堅持和平統一、一國兩制基本方針」與「兩岸關係和平發展是促進兩岸共同發展、造福兩岸同胞的正確道路」，這是指即便蔡總統大勝，相當成分仍會堅持和統而非武統道路。
新華網專文的內容強調，「不是一場正常選舉，蔡英文和民進黨用欺騙、壓制、恐嚇等骯髒手法撈取選票」、「藍營的內耗自損（只有這一句話）」、「西方外部政治勢力公然介入臺灣選舉」，這三點定調成為後面環球時報與人民銳評文章詳加發揮的重點。但是，該文提出「讓人們深感憂慮」的問題後，有一大段中共掌握主導權、主動權的「無須憂慮」的解釋，這是一種減緩緊張的說法。顯然，這次宣傳重點在妖魔化台灣的民主，與降低蔡總統當選的合法性。本質上屬於防守，擔心台灣民主會對大陸造成影響。
可見中共早已有蔡總統勝選的心理準備，幾乎所有中共專家判斷選後兩岸關係的發展，都是「三個不會變」，即一、民進黨的分裂政策不會變；二、美國打台灣牌的政策不會變；三、中共掌握兩岸主動權的趨勢不會變。由此，中共專家們對選後的對台政策描述或建議方向，不脫「中共看長不看短，不為一時一事所動」；「要為維持兩岸關係和平發展之路不倒退付出更多心力」；「誰當選不是台海局勢的決定因素，中共是看政策不是看人」；「無論由誰執政，均保持對台壓力」等。
在所謂的「超越台灣選舉與政黨輪替、牢牢主導兩岸關係」的政策思想指導下，選後中共已經預置了「政治要統一、經濟要融合與社會要認同」三條政策路線。意即在繼續拒絕與中斷與蔡總統溝通、協商的管道下，如何繞過民進黨政府進行單方面的政、經、社促統政策，「把統一、融合、認同的支點放在中共這邊」。

疫災對兩岸關係的影響
就新冠病毒疫災對兩岸關係的影響而言，首先，蔡總統於1月30日就對中國大陸受到新型冠狀病毒疫情衝擊的民眾表達關切跟慰問之意，行有餘力之處，我們也願意提供必要的協助。搭配此前准副總統賴清德、台北市長柯文哲兩位醫師官員對兩岸合作防疫的呼籲，不能不說，台灣對中國大陸表達了人道關懷的善意。就此而言，炒作口罩要不要出口到中國大陸的人，既無知又民粹，其唯一達到的效果，就是破壞兩岸關係。
其次，武漢包機問題在一開始時，的確進一步惡化兩岸關係。起源於2月3日第一次包機發生登機名單混亂，甚至出現武漢肺炎確診病例，完全不符合我方原則（短期出差、在當地無生活支撐、年幼、有慢性疾病者），中間穿插著國民黨介入包機溝通的意外，引發台灣輿論強烈反彈。隨後陸委會與國台辦陷入相互批評與指責的階段。但是，蔡總統仍不亢不卑的說明：希望中國必須要瞭解並尊重我們對防疫跟整個疫情掌控，畢竟我們必須要保護目前在台生活的所有人民，希望中國方面可以配合。
再來，是2月23日武漢血友病患母子成功的從成都回到台灣，直接顯示，這是兩岸高層溝通的良好結果。台灣疫情指揮中心明白的說，這是搭配陸委會及海基會，部署作戰計畫，緊急指派一名護理師隨長榮班機到成都，並在機上準備隔離裝備，護理師赴成都與母子會合，到通知長榮航空，不到24小時成功接回母子。
最後，3月10日武漢台灣人「二次包機」回台，由中華航空、中國東方航空共同執飛，兩班包機共搭載361名國人返台。過程雖然有些波折，無論如何這又是兩岸高層溝通的成功案例，顯示，兩岸雙方政府還是有交集的共識存在。

武力恐嚇，軟硬矛盾
中共對台政策仍存在矛盾，即便有上述的兩岸共識與交集存在。然而，2月6日中共國台辦一句指控台灣「以疫謀獨」，尤其是針對台灣加入世界衛生組織的強硬、不近人情、不符事實的發言，還是拉遠了兩岸關係的距離。
更糟糕的是，2月9日、10日與28日共軍連續出動東部戰區海空兵力實施戰備巡航，體系化出動驅護艦、轟炸機、殲擊機和預警機等多種武器裝備繞台與擾台。國台辦發言人說：民進黨當局領導人近來不斷發表具有「兩國論」含義的分裂言論，擺出加大兩岸對抗的姿態，加緊策劃台美勾連新動作，借機謀獨，公然進行危險的挑釁。中國人民解放軍有關行動，是為了維護國家主權與領土完整，維護台海和平穩定。
一般的看法，這是中共為了轉移國內疫情嚴重所作的行動，然而，這種作法不但不會讓台灣屈服害怕，更不會獲得中國人民的贊同與支持。習近平不是下令軍隊要全力支持防疫與抗疫嗎？為什麼解放軍還在逃避保護自己人民的責任，跑出國威脅可能幫助中國防疫與抗疫的國家？

結論
中共所判斷選後兩岸關係的發展的「三個不會變」，是相互矛盾的，意即一、民進黨的分裂政策不會變；二、美國打台灣牌的政策不會變；三、中共掌握兩岸主動權的趨勢不會變。前一、二項明顯與第三項是矛盾衝突的。更重要的是，習近平強調的「六穩」（穩就業、穩金融、穩外貿、穩外資、穩投資、穩預期）與「七大風險」（政治風險、意識形態風險、經濟風險、科技風險、社會風險、外部環境風險、黨的建設風險）。現在看來，中共更需要的是「第七穩」，穩台海，與共同避免「第八風險」（台海風險）。
本來，影響未來兩岸關係最大的兩個關鍵變數是美、中貿易戰與香港反送中事件；現在，中共不願意面對的現實是：未來4年是否仍要持續過去4年兩岸關係漸行漸遠、台美關係越來越近的現實；以及台灣內部藍營勢力越來越小、綠營力量茁壯增強的事實。