部分人士認為，放眼世界，經濟整合的談判不僅是經濟問題，也是政治問題，兩岸「經濟合作架構協議」(ECFA)談判也不例外，因為國家之間要建立更緊密、優惠的關係時，不可能沒有政治上的考量；有些國際媒體甚至將ECFA視為兩岸邁向統一的象徵，反映外界的疑慮。
　　然而，這樣的憂慮，實際上沒有必要。我們可以從以下幾個方面進行檢視：
　　事實上，政府與大陸談判，最重要的政治考量莫過於確保主權完整。首先，有人認為我國不與大陸談判「自由貿易協定」(Free Trade Agreement, FTA)，而只與北京談判ECFA，本身就已經損毀了主權。此一看法實有誤導之嫌，因為國際間簽訂經貿協定的方式或名稱不一而足，例如，澳大利亞與紐西蘭就沒簽訂FTA，但卻簽訂「更緊密經濟關係貿易協定」(Closer Economic Relations Trade Agreement, CERTA)；此外，印度與馬來西亞、新加坡與緬甸等國簽訂的是 (Comprehensive Economic Cooperation Agreement, CECA)，而不是FTA。可見協議名稱並不重要，重要的是協議的內容。
　　即使如此，我國對於兩岸經濟協議的名稱仍然戒慎戒懼，惟恐對主權造成任何損毀。我方最初擬提出CECA，中國大陸領導人胡錦濤也表同意，並放在「胡六點」之內。但部分人士操作誤導，指CECA聽來像是 「C咖」或「洗腳」，政府才將其更改為現在的 ECFA。
　　其次，中華民國是一個民主國家，而民主在台灣不僅意味著是一個價值體系、一種生活方式，更是一個過程。在台灣，由於絕大多數人民都願意維持現狀，因此任何支持統一、獨立或是接受「一國兩制」的企圖與嘗試，都會在民主的過程中遭到封殺。因為，沒有任何政治人物敢於挑戰台灣的民主，人民更不願改變民主的價值與生活方式。
　　海基會與大陸的海協會總共簽訂十二項協議與一項共識，其中有那一項是損毀了中華民國的主權？既然沒有，大家就應相信政府在與大陸談判ECFA時，會有足夠的政治智慧維護主權的完整，何況行政部門也會在談判過程中與立法院充分溝通。
　　第三，與大陸談ECFA，政府最主要考量之一就是主權問題。馬英九總統早在競選期間，就宣示「三不政策」(不統、不獨、不武）。主政以後，也不斷告訴美國、日本、新加坡等國際媒體，兩岸要談統一也沒有時間表，國內若無共識，他也不會與大陸談判政治議題，更不用說與大陸進行可能損毀我國主權疑慮的談判。
　　儘管如此，國際間與對岸對馬政府的「三不政策」仍有疑慮與誤解。最近，美國學者季禮 (Bruce Gilley) 在外交事務 (Foreign Affairs) 期刊一篇文章認為，馬總統對大陸的和解政策，已使台灣逐漸「芬蘭化」 (Finlandization)。他認為美國應讓台灣在美中兩強之間成為一個中立國，並檢討對台軍售政策，將台灣排除在美國新的亞太戰略結構之外。
　　至於中共，本來就對馬總統的「三不政策」不領情，對「不統」更是持保留態度。去年年底，中國軍事科學學會副秘書長羅援少將甚至直指馬總統的「不統」是「和平分裂」。最近，他更進一步表示，北京擴充軍備並反對美國對台軍售，主要就是為了「防獨、止獨」。此亦顯示中共統一台灣的第一步，就是先解除台灣的武裝。北京不僅反獨，更要台灣屈從於大陸統一的意志，這當然不是馬政府所能接受的。
　　馬政府知道，最合乎中華民國利益的戰略選擇，就是「和中、友日、親美」。季禮之類的學者只看到中國崛起、美中成為經貿「生命共同體」，以為台灣地位正在邊緣化，因此一見到兩岸和解，就急急拋出「芬蘭化」，其實是讓台灣自生自滅。但是，他們卻不知道，中國崛起與兩岸和解之後，更多的外國官員正絡繹不絕地來到台北，想要進一步瞭解兩岸關係的發展，或是與我國建立比以往更為密切的合作關係。
　　從美牛事件後，美國仍然對台進行軍售，可以看出美國的兩岸政策，仍是建立在「三報」、「一法」以及美國全球戰略的基礎之上，因為這樣做最合乎美國的國家利益。我國在親美的同時，當然也應與大陸談判ECFA，這樣才是我國在美中兩強之間的生存之道。
　　從以上各個層面來看，我方與大陸談判ECFA，既不是傾中，更非邁向統一，絕無損毀主權之虞，但卻符合台灣「和中、親美」的政策主軸，堅持此一政策主軸，正是確保主權完整的不二法門。