二○○八年五月馬英九總統就職之後，在兩岸關係的政策上，回歸「九二共識」，提出了「不統、不獨、不武」的主張，快速啟動兩岸兩會的交流與協商，並且在兩年半的時間裡，與大陸簽訂了十五項協議、達成一項共識。
　　楊開煌教授認為，馬政府在兩岸關係上，十分努力地為台灣尋找適當的兩岸政策，但未使台灣民眾增加對政府的信任。特別是兩岸在國際社會發生意外齟齬時，朝野比較一致的說法，就是怪罪大陸。有些民眾會認為，那麼何以兩岸仍需交流、交往，或者是在兩岸交流、交往的過程中，何以不能協商此類議題。楊教授認為馬政府在「兩岸政策」上，需要一套完整的論述。
　　楊開煌教授認為馬政府近三年的兩岸政策，雖然有政策，有作為，也有明顯的成績，但仍不乏對政府的質疑之聲。同時也因為台灣特殊的政治生態，很難出現新穎而動人的口號。
　　楊開煌教授認為，馬總統的「兩岸政策」是由三大元素構成，此即：「中華民國憲法架構下的不統、不獨、不武」、「一中各表的九二共識」以及「以台灣為主，對人民有利」。
　　楊開煌教授主張，馬政府現有的「三不」政策，嘗試引導出一個和平、穩定、正常的兩岸關係。但從馬總統近來一些有關兩岸的發言，例如提到「中華民族」、強調中華文化的價值、重視兩岸文化交流、重新關懷大陸的發展、進一步回歸中華民國憲法的本體等，馬總統已經覺察到在兩岸政策上，必須建立動人的論述，才能戰勝二○一二年的挑戰；只有建立系統的論述，才能引領台灣邁向黃金十年；要建立適切的論述，才能開啟和平的兩岸。
　　楊開煌教授分析，自馬總統就任以來，經過兩岸的努力，兩岸關係已經出現以下的特徵：
一、兩岸是一種亦敵亦友的關係。
二、大陸是我們的親戚鄰居。
三、大陸的崛起對台灣是威脅也是機會。
　　因此，同時作為中華民國總統與國民黨主席的馬英九，必須負責任地提出政府和國民黨的兩岸終極目標：
一、長期和平、穩定、友好、繁榮的兩岸關係，是現階段政府的兩岸政策的目標。
二、促進大陸政治平穩地發展出自己的特色。
三、在「一中」框架下，結合中共政治發展的兩岸統合論。
　　而為了實現這些目標，楊教授建議馬總統應朝以下幾個方向努力：
一、以大陸政策指導兩岸關係，在「一中各表」的前提下與北京當局進行政治接觸、對話、談判。
二、以互惠互利的原則正常化兩岸的經貿關係。
三、積極推動兩岸文化交流架構協議。
四、在國際間，積極推動兩岸「差序共存」的「一中原則」，真正安排出台灣在國際社會適當而有尊嚴的位置。
五、對未來雙方若進行軍事交流談判之後，台灣的國防戰略構想、國軍的政治教育、軍事訓練等相關議題預先規劃，設想周延之後才能進行。
六、推動兩岸和平教育，使兩岸人民真正理解推動和平的途徑、維護和平的方法、保衛和平的手段。
　　楊開煌教授於文末指出，馬總統和馬主席在明年大選前，應凝聚黨內共識，提出一套在兩岸關係上繼往開來的政策論述，展現出政治家的擔當。
　　馬總統的兩岸政策，應該是回歸大陸政策指導下的兩岸政策，兩岸是親戚性質下亦敵亦友的兩岸關係；應該是大膽而自信地，開放兩岸正常交往、交流，以便開啟一個理性兩岸、和平兩岸、繁榮兩岸的新時代。而馬主席的兩岸政策，則應該是指向台灣創新價值的兩岸政策，因而也是以兩岸統合為指向的兩岸政策。