自「辜汪會談」以來，雙方在後續事務性協商方面雖未能達成共識，但兩會仍保持密切連繫，推動相關會務，促進兩岸交流，解決一些事務性的問題。

　　第三次協商於八十二年十二月十八日至二十二日在台北舉行，大陸方面除海協會人員外，依舊有「公安部」、「農業部」、福建「公安廳」及「台辦」人員則以海協會「商談小組專家」名義參與。

　　本次會談重點及雙方主要意見包括：

1. 劫機犯之遣返
   本議題在廈門會談已初次交換協議草案，此次台北會談並分別於十二月十八日、十九日及廿二日三度交換協議草案。
   1. 雙方原則同意劫機犯遣返由航空器所屬之一方追訴處罰，唯我方基於相互尊重之精神，認應列入「己方人民，不予遣返」。大陸方面雖同意本原則，但落實在文字上卻有困難。
   2. 對於劫機犯所涉同一或其他案件已進行司法程序（偵查、審理、執行）者，我方認得拒絕遣返，大陸方面則對具有法律性質之用語甚為敏感，更不願承認我方司法管轄權。
   3. 刑事（嫌疑）犯之遣返，在遣返拒絕、強制處分、抵免、請求、移交、交換與追訴範圍等方面，與劫機犯之遣返相同，故我方建議設準用條款，以一併解決刑事（嫌疑）犯遣返之問題。大陸方面堅持於共同打擊犯罪中討論。
2. 非法入境人員遣返
   本議題在廈門會談中曾二度交換協議草案，此次台北會談並分別於十二月二十日及廿二日交換協議草案。
   1. 大陸方面認為必須違反「雙方」有關規定，進入大陸或台灣地區者，方屬非法入境。我方表示雙方各有入出境管理法規，在一方合法出境，在地方未必能合法入境，認為此等主張不切實際。
   2. 因大陸方面常未能及時來接回偷渡客，造成困擾，故我方對主動遣回至為堅持，大陸方面則以至我方指定收容地、場所進行「實地查核」為條件，有限度同意。我方認為「實地查核」並無實益，在岸邊「就地查核」即可，並說明主動遣回係因大陸方面未能正常配合遣返作業，故有規定之必要。
   3. 鑒於遣返偷渡人員每年支出新台幣上億，我方認為基於損害分配之法理，應由大陸負責，大陸方面則堅不同意。
3. 兩岸海上漁事糾紛之處理
   本議題在廈門會談時已交換過意見，此次台北會談並分別於十二月十九日、廿日下午兩度進行討論，並交換協議草案。與廈門會談相較，本議題並無明顯進展：
   1. 我方認為協議之適用範圍應包括商船間之糾紛、漁船與非公務船間之糾紛及漁船與公務船之碰撞糾紛，大陸方面仍堅持本協議適用範圍僅限於漁船間之糾紛，漁船與非公務船間之糾紛、漁船與公務船之碰撞不在其列，至於刑事告訴乃論之案件，因性質及法制上之差異，亦不應在本協議適用之列。我方則認為漁船與其他船舶間之糾紛，仍有發生之可能，應一併解決，以符實際，至於告訴乃論之案件，大陸方面如確有法制上之困難，我方可以考量。
   2. 關於漁民自行和解，雙方較無分歧，大陸方面對於我方提出由公務船舶在領海內試行和解，認為涉及領海之劃分，且以公務船有偏頗之處，至為保留。我方則說明公務船舶係以公正之立場介入，可避免當事人以暴力解決糾紛，仍可發揮其功能。
   3. 我方認為雙方各自設調處機構，共同調處，並賦予調處結果法律效力，以有效解決糾紛。大陸方面雖同意雙方各自成立調處機構，惟其功能仍係各自代表己方漁民就個案進行協商；對於調處結果則主張「各自採取有效措施予以落實執行」。
4. 兩會商定會務人員入出境往來便利具體辦法
   本問題大部分已有共識，雙方同意給予商定會務人員「代辦證，代持證」之便利，對特定層級及隨行人員並給予查驗通關便利。惟仍有部分細節問題亟待解決。
5. 其他事務協商議題
   雙方就兩岸司法協助、兩岸共同打擊犯罪、兩岸智慧產權保障、台商投資權益及相關問題亦大體交換了意見，以利日後商談。

　　本次會談係兩岸四十年餘來第一次在台北舉辦會談，吸引大批媒體採訪，各種不同政治主張亦順勢而發，多少影響協商之進行。此外，本次商談就「違反有關規定進入對方地區人員之遣返及相關問題」、「兩岸劫機犯遣返等事宜協議」、「協商兩岸漁事糾紛處理」等議題進行討論，並就若干技術問題達成共識，但是就涉及法律層面之問題，例如「己方人民不遣返」，雙方就同一案件之管轄權、調處效力之認可等問題，大陸方面均採取極端迴避之態度，對「司法機關」、「法律」等用語，亦極端排斥，反提出帶有「一國兩制」意涵之文字，實為商談之主要障礙。