八十三年十月底，本會依協議建議在上海或南京進行第六次後續事務商談。海協會同意在南京舉行。

　　十一月廿一日，本會副秘書長許惠祐一行十二人搭機赴南京。是日晚，許副秘書長與海協會孫亞夫進行工作會餐，商定議程及行程。海協會方面以我方不同意安排其他各項議題商談之時間表為由，拒絕將在大陸公告繼承遺產之相關事宜列入議程。

　　十一月廿二日上午，本會代表首先前往中山陵向　國父孫中山先生陵寢致敬，許副秘書長應記者要求，闡述對國父思想之理解。下午，首先就「兩岸劫機犯等遣返及相關事宜」進行商談。

　　十一月廿三日上午，雙方就「違反有關規定進入對方地區人員之遣返及相關事宜」進行商談；下午則就「兩岸海上漁事糾紛之處理」進行商談。總結在第一回合之商談，因海協會不願交換文本討論，以致進行遲緩，又大陸方面雖稱焦唐共識不能更改，然卻擅自依其需要就共識文字紀錄多所增減，以致會談進展有限。

　　十一月廿四日上午，雙方首度就「增辦兩岸快捷郵件業務」進行討論，我方建議在原掛號協議基礎上進行協商，大陸方面卻一再堅持將物品列入開辦範圍，在聯繫上則由雙方郵政單位直接接觸，並主張傳遞方式係「得由第三地轉運」，企圖突破原有協議之架構，而達成通郵、通貨，甚至通航之目標，以致於雙方無法深入討論開辦之技術面問題。下午，雙方則就「增加寄送公證書副本種類等事宜」進行討論，雙方確定文字為「財團法人海峽交流基金會與海峽兩岸關係協會、中國公證員協會依據『兩岸公證書使用查證協議』第二條規定，商定增加涉及稅務、病歷、經歷、專業證明等四項公證書副本」。雙方並同意以換文方式生效實施，有關生效時間，我方建議及早生效以服務民眾，大陸方面則藉詞其所涉機構眾多，堅持自明年二月一日生效。會談中，雙方並結算文書查證費用，自八十三年一月一日起至八十三年六月卅日止，我方計應付大陸二五、四○五美元。

　　十一月廿五日上午，雙方就「兩岸劫機犯等遣返及相關事宜」進行第二回合之商談；下午則就「違反有關規定進入對方地區人員之遣返及相關事宜」進行第二回合之商談。

　　十一月廿六日上午，雙方就「兩岸海上漁事糾紛之處理」進行第二回合之商談；下午則就「增辦兩岸快捷郵件業務」進行第二回合之討論。

　　十一月廿七日上午，雙方就三項年度議題進行綜合商談；下午，則就「兩岸海上漁事糾紛調處規則」進行討論。

　　本次會談之重點乃在於就三項議題商定文本，並進行草簽。雖然雙方在八月初就關鍵性問題已取得高度共識，惟又枝節橫生，無法如各界預期，商定協議文本。