1990年11月21日召開海基會捐助人會議，由原始捐助人共同捐助基金新臺幣(以下同)6億7,000萬元成立；1991年至2021年陸續收到各界捐助款計14億7,300萬元，另經第11屆董監事第5次聯席會議審議通過，並於2022年4月26日經大陸委員會許可，以基金填補累積短絀3,583萬3,193元，合計法定基金總額為21億716萬6,807元。

依本會「捐助暨組織章程」第三章，本會之會計年度，與政府之會計年度同。本會應於會計年度開始前擬定業務計畫及預算，提報董事會審議通過，報請主管機關辦理。本會基金之保管及運用，應於會計年度終了後編製基金保管及運用報告、暨全年度決算，經監事查核，提報董事會審議通過，報請主管機關辦理。

依本會「捐助暨組織章程」第五條，本會經費之來源為：基金運用之孳息、委託收益、政府或民間捐贈、提供服務及其他收入。